Η πρώτη μετά την επανάσταση του 1821 μεγάλη κρίση του Κρητικού Ζητήματος σημειώθηκε το 1866, με μια νέα μεγάλη επανάσταση. Η επανάσταση του 1866-69, το «δεύτερο '21», όπως ονομάστηκε, αποτελεί την κορυφαία έκφραση του πόθου των Κρητών για ελευθερία και εθνική αποκατάσταση. Το κυρίαρχο σύνθημα «Ένωσις ή Θάνατος», που υποκατέστησε το παλαιό «Ελευθερία ή Θάνατος», εκφράζει εύγλωττα και επιγραμματικά τον εθνικό χαρακτήρα του Κρητικού Ζητήματος, που γρήγορα πήρε μεγάλες διαστάσεις και απασχόλησε σοβαρότατα την ελληνική και την ευρωπαϊκή διπλωματία, ως σημαντική πτυχή του όλου Ανατολικού Ζητήματος.

Οι συνθήκες ήταν δυσμενείς, όχι μόνο από την άποψη των στρατιωτικών προπαρασκευών και της αναλογίας των δυνάμεων των επαναστατών με εκείνες της Τουρκίας, αλλά κυρίως από την άποψη της γενικής πολιτικής κατάστασης στην Ελλάδα και την Ευρώπη. Οι Μεγάλες Δυνάμεις, και ιδιαίτερα η Αγγλία και η Γαλλία, ήταν από την αρχή αντίθετες προς κάθε κίνημα που θα έθετε σε κίνδυνο την ακεραιότητα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Μόνο η Ρωσία, που είχε ταπεινωθεί με τον Κριμαϊκό Πόλεμο και τη συνθήκη των Παρισίων (1856), έδειχνε να ευνοεί την επανάσταση της Κρήτης και την υποκινούσε, μάλιστα, μέσω των αντιπροσώπων της στο νησί.

Η έκρηξη νέας επανάστασης στην Κρήτη δημιούργησε γενικό εθνικό ενθουσιασμό στην άλλη Ελλάδα. Στην Αθήνα ιδρύθηκε η «Κεντρική υπέρ των Κρητών Επιτροπή» και στη Σύρο η «Ειδική επί των Αποστολών Επιτροπή», για την ενίσχυση του κρητικού αγώνα με αποστολές όπλων, χρημάτων και εφοδίων, αλλά και εθελοντών που έσπευδαν από παντού να ενισχύσουν τους Κρήτες.

Βέβαια, ήταν σε όλους φανερό ότι ο πατριωτισμός και ο ενθουσιασμός δεν αρκούσαν για να αντισταθμίσουν τις κατά πολύ υπέρτερες τουρκικές δυνάμεις. Το μεγάλο όμως πρόβλημα ήταν ο άμαχος πληθυσμός, που έμενε τις περισσότερες φορές ανυπεράσπιστος στην εκδικητική μανία του εχθρού και έπρεπε να καταφεύγει στα βουνά ή στον εκπατρισμό. Η μεγάλη αυτή επανάσταση έμελλε να εξελιχθεί σε αληθινή τραγωδία, που την αντιμετώπισε εντούτοις ο κρητικός λαός με αξιοθαύμαστη αποφασιστικότητα και καρτερία.

Τα πολεμικά γεγονότα άρχισαν τον Αύγουστο του 1866 με συγκρούσεις στην περιοχή των Χανίων. Ο σουλτάνος ανέθεσε το έργο της καταστολής της επανάστασης στον Μουσταφά πασά, που και άλλοτε είχε πολεμήσει στην Κρήτη και είχε λάβει την επωνυμία «Γκιριτλής»*. Ο Μουσταφά πασάς κάλεσε με προκήρυξή του τους Κρήτες να καταθέσουν τα όπλα, με την υπόσχεση της ικανοποίησης των δίκαιων αιτημάτων τους. Την απάντηση έδωσε η Γενική Συνέλευση των Κρητών: «Το σύνθημα "Ένωσις ή Θάνατος", το οποίον άπασα η Κρήτη ανακήρυξε, δίδει την πρέπουσαν απάντησιν».

Τη γενική αρχηγία του αγώνα είχαν αναλάβει παλαίμαχοι στρατιωτικοί, ενώ λόγιοι ιερωμένοι ανέλαβαν το λεπτό και δυσχερές έργο της αλληλογραφίας με τους ξένους Προξένους και τη διπλωματική διαχείριση του αγώνα. Οργανώθηκε επίσης «Προσωρινή Κυβέρνησις Κρήτης», χωρίς μόνιμη έδρα. Η διαρκής μετακίνηση της έδρας της στα βουνά, ανάλογα με τις ανάγκες του αγώνα, ήταν η αιτία να της δοθεί η επωνυμία «Κυβέρνησις του βουνού». Με κινητό τυπογραφείο εξέδιδε προκηρύξεις προς τον Κρητικό λαό και επίσημη εφημερίδα, την πρώτη ελληνόφωνη εφημερίδα στο νησί, με τον τίτλο «Κρήτη» και τον υπότιτλο «Ένωσις ή Θάνατος».

Κατά τους πρώτους μήνες της επανάστασης διεξάγονταν επικές μάχες σε όλη την Κρήτη. Τα γεγονότα του πρώτου έτους κορυφώθηκαν με την πολιορκία και το ολοκαύτωμα της ιστορικής Μονής Αρκαδίου (8 Νοεμβρίου 1866).

Το γεγονός αυτό προκάλεσε ισχυρή συγκίνηση στην παγκόσμια κοινή γνώμη. «Η ηρωική Μονή, η δίκην φρουρίου αγωνισαμένη, αποθνήσκει ως ηφαίστειον! Τα Ψαρά δεν είναι επικώτερα, το Μεσολόγγι δεν ίσταται υψηλότερον», έγραφε ο μεγάλος Γάλλος συγγραφέας Βίκτωρ Ουγκώ, από τους θερμότερους υποστηρικτές του κρητικού αγώνα. Επιστολές, ανταποκρίσεις και άρθρα στο διεθνή τύπο δημιούργησαν ευνοϊκό κλίμα υπέρ της αγωνιζόμενης Κρήτης στους λαούς της Ευρώπης και της Αμερικής. Πολλοί ξένοι φιλοκρητικοί και φιλέλληνες ήλθαν στην Κρήτη για να πολεμήσουν ή για να εργαστούν ως πολεμικοί ανταποκριτές ευρωπαϊκών και αμερικανικών εφημερίδων. Ο Κρητικός αγώνας προκάλεσε αληθινή έκρηξη φιλελευθερισμού. Ιδρύθηκαν Εταιρείες και Σύλλογοι για την υποστήριξη του κρητικού αγώνα και κυρίως για την προστασία του δοκιμαζόμενου άμαχου πληθυσμού και την περίθαλψη των προσφύγων, που κατά χιλιάδες κατέφευγαν στον Πειραιά και στα νησιά του Αιγαίου, κυρίως στη Σύρο. Εθελοντές από τη Σερβία, την Ιταλία, την Ουγγαρία και από άλλες περιοχές, ζήτησαν να έλθουν στην Κρήτη, καθώς και πολλοί γνωστοί δημοσιογράφοι της εποχής. Τολμηροί Έλληνες ναυτικοί πραγματοποιούσαν αποστολές όπλων, τροφίμων και εφοδίων και μετέφεραν εθελοντές από την άλλη Ελλάδα στα παράλια της Κρήτης με τα πλοία «Αρκάδιον» και «Πανελλήνιον».

Παρά τις στρατιωτικές επιτυχίες των Τούρκων, η επανάσταση διατηρήθηκε ζωντανή σε όλη την Κρήτη. Η Υψηλή Πύλη, έχοντας να αντιμετωπίσει την κατακραυγή της διεθνούς κοινής γνώμης και την πρόσκαιρη μεταστροφή της γαλλικής διπλωματίας υπέρ των Κρητών, προέβη σε μια κίνηση εντυπωσιασμού. Τον Ιανουάριο του 1867 απέστειλε στην Κρήτη αντιπρόσωπο του σουλτάνου, με δύο κύριες προτάσεις: α) την κατάπαυση των εχθροπραξιών και β) την αποστολή στην Κωνσταντινούπολη δύο αντιπροσώπων, ενός χριστιανού και ενός μουσουλμάνου, οι οποίοι θα συνεργάζονταν με την Υψηλή Πύλη για την αντιμετώπιση της κρίσης. Παράλληλα, ανακάλεσε τον Μουσταφά πασά και διόρισε στη θέση του ως σερασκέρη της Κρήτης τον Ομέρ, που είχε τη φήμη ενός από τους καλύτερους στρατηγούς της Οθωμανικής αυτοκρατορίας.

Ο Ομέρ έφτασε στην Κρήτη το Μάρτιο του 1867 και άρχισε αμέσως εκκαθαριστικές επιχειρήσεις. Εντούτοις, οι επιτυχίες του δεν έφεραν το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα. Απέδειξαν απλώς ότι οι επαναστάτες δεν ήταν σε θέση να αντιμετωπίσουν τον τακτικό τουρκικό στρατό. Όμως, η μονιμοποίηση της τουρκικής κατοχής στις διάφορες περιοχές δεν ήταν εφικτή. Μόλις αποχωρούσε ο τουρκικός στρατός, οι επαναστάτες επέστρεφαν από τα απρόσιτα κρησφύγετά τους. Ένας αληθινός φαύλος κύκλος είχε δημιουργηθεί και η επανάσταση είχε εξελιχθεί σε τραγωδία, με κύριο θύμα τον άμαχο πληθυσμό.

Η ευρωπαϊκή διπλωματία αναζητούσε πολιτική λύση στο Κρητικό ζήτημα. Ήδη οι αποστολές εθελοντών, εφοδίων και όπλων από την Ελλάδα είχαν εξαγριώσει την Τουρκία. Με τελεσίγραφο της η Τουρκία στα τέλη Δεκεμβρίου 1868 κατηγορούσε την Ελλάδα για ενεργό ανάμειξη στην κρητική επανάσταση και επέσειε την απειλή ενός ελληνοτουρκικού πολέμου, ο οποίος αποφεύχθηκε μόνο με την επέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων. Η Ελλάδα, υπό την πίεση των Μεγάλων Δυνάμεων, αναγκάστηκε να δεχθεί τους όρους του τουρκικού τελεσιγράφου και να σταματήσει τις αποστολές εθελοντών και εφοδίων στην Κρήτη. Η Τουρκία από το άλλο μέρος υποχώρησε στις υποδείξεις της Αγγλίας και πρότεινε στους επαναστάτες μια έντιμη λύση, με την παραχώρηση γενικής αμνηστίας και νέων προνομίων στον κρητικό λαό.

Τον Ιανουάριο του 1869 τα γεγονότα εξελίχθηκαν ραγδαία. Η ευρωπαϊκή διπλωματία είχε πια οριστικά στραφεί υπέρ της Τουρκίας. Οι Μεγάλες Δυνάμεις αποφάσισαν με τη Συνθήκη των Παρισίων (9-20 Ιανουαρίου) να απαγορευθεί στην Ελλάδα ο σχηματισμός εθελοντικών σωμάτων για δράση στα τουρκικά εδάφη, καθώς και ο εφοδιασμός από τα ελληνικά λιμάνια πλοίων «προορισμένων να βοηθήσουν υπό οιανδήποτε μορφήν πάσαν απόπειραν εξεγέρσεως εις τας κτήσεις της Α. Μ. του σουλτάνου».

Η επανάσταση είχε πλέον εκπνεύσει, χωρίς να πραγματοποιηθεί ο πόθος των Κρητών για ελευθερία και εθνική αποκατάσταση. Οι ανθρώπινες απώλειες και οι υλικές καταστροφές υπήρξαν για την Κρήτη ανυπολόγιστες, αλλά και της Οθωμανικής αυτοκρατορίας το γόητρο υπέστη ανεπανόρθωτο πλήγμα, καθώς φάνηκε ανίκανη να δαμάσει ένα νησί, παρά τον τρομακτικό όγκο των δυνάμεών της σε άνδρες και οπλισμό.

Ήδη από τις αρχές Σεπτεμβρίου 1867 ο σουλτάνος είχε διατάξει διακοπή των εχθροπραξιών για πέντε εβδομάδες, προτείνοντας γενική αμνηστία και πολιτική λύση στο Κρητικό Ζήτημα. Αργότερα, έστειλε στην Κρήτη τον πρωθυπουργό του, τον μεγάλο βεζίρη Ααλή πασά, κομιστή διοικητικών και άλλων παραχωρήσεων, που αποτέλεσαν τη βάση ενός νέου καταστατικού χάρτη διοίκησης της Κρήτης, του λεγόμενου «Οργανικού Νόμου».

Οι επαναστάτες απέρριψαν τις τουρκικές προτάσεις, αλλά ο Αλή πασάς προχώρησε με ταχύτητα στην επεξεργασία του Οργανικού Νόμου. Προκήρυξε εκλογές στις κατεχόμενες από τους Τούρκους περιοχές και συγκρότησε μια συνέλευση από 30 μουσουλμάνους και 20 χριστιανούς, ανθρώπους χωρίς κανένα κύρος και καμιά επιβολή, εκλεγμένους με υποσχέσεις και δωροδοκίες. Έτσι προχώρησε στην ψήφιση του Οργανικού Νόμου, που τέθηκε σε εφαρμογή στις 3 Φεβρουαρίου 1868.

Οι βασικές διατάξεις του Οργανικού Νόμου ήταν οι εξής:

1. Η Κρήτη αποτελούσε ένα βιλαέτι της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, διοικούμενο από Γενικό Διοικητή (βαλή) μουσουλμάνο, τον οποίο διόριζε ο σουλτάνος.
2. Το νησί διαιρέθηκε σε πέντε διοικήσεις και είκοσι επαρχίες.
3. Στην κεντρική και στις επαρχιακές διοικήσεις θα μπορούσαν να διορίζονται και χριστιανοί υπάλληλοι.
4. Στη σύνθεση των δικαστηρίων θα μετείχαν χριστιανοί και μουσουλμάνοι, ενώ αιρετοί σύμβουλοι θα μετείχαν στο κεντρικό συμβούλιο της Γενικής Διοίκησης και στα διοικητικά συμβούλια των νομών και των επαρχιών.
5. Αναγνωρίστηκε η ισοτιμία των δύο γλωσσών.
6. Θεσμοθετήθηκαν διάφορες φορολογικές ελαφρύνσεις.

Τα σκιώδη αυτά προνόμια του Οργανικού Νόμου, που έθεταν το Κρητικό Ζήτημα σε νέες βάσεις, αποτέλεσαν στο εξής σταθερό σημείο αναφοράς για όλα τα επόμενα απελευθερωτικά κινήματα του νησιού, ως την αυτονομία.