Ο σουλτάνος παραχώρησε την Κρήτη στον αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μωχάμετ Αλυ, ως αντάλλαγμα για τις υπηρεσίες που του είχε προσφέρει κατά τη διάρκεια της δεκαετούς επανάστασης στην Πελοπόννησο και την Κρήτη, και η παραχώρηση αυτή κατοχυρώθηκε με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου. Έτσι η Κρήτη περνούσε από την τουρκική στην αιγυπτιακή κατοχή, σε μια νέα περίοδο «εστιλβωμένης δουλείας». Ο φιλόδοξος μονάρχης της Αιγύπτου κατανοούσε τη σπουδαιότητα που είχε για τη χώρα του η κατοχή της Κρήτης και απέβλεψε από την αρχή στη μονιμοποίηση της νέας κατάστασης. Για να αποφύγει εξωτερικές επεμβάσεις και διεθνείς περιπλοκές, έλαβε αμέσως σύντονα μέτρα για την εξασφάλιση της εσωτερικής γαλήνης και την εγκαθίδρυση ενός καθεστώτος με επιφανειακή ισονομία και δικαιοσύνη, ενώ παράλληλα έθεσε σε εφαρμογή ένα πρόγραμμα μεγάλων κοινωφελών έργων στο νησί.

Για την πραγματοποίηση αυτού του προγράμματος επιβλήθηκε επαχθέστατη φορολογία στο χριστιανικό πληθυσμό. Οι νέες καταπιέσεις ανάγκασαν τους Κρήτες να προβούν σε έντονη άοπλη διαμαρτυρία στο χωριό Μουρνιές των Χανίων. Η ενέργεια αυτή έμεινε στην ιστορία ως «Κίνημα των Μουρνιών, ή των Μουρνιδών» (Σεπτέμβριος 1833). Περίπου 7.000 άοπλοι χριστιανοί από όλες τις επαρχίες της Κρήτης διαδήλωσαν την πικρία και την αγανάκτησή τους και υπέγραψαν αναφορά προς τις Μεγάλες Δυνάμεις, επικαλούμενοι την προστασία τους. Η αντίδραση της αιγυπτιακής διοίκησης υπήρξε άμεση και σκληρή. Συνελήφθησαν 41 πρωταίτιοι και απαγχονίστηκαν.

Τα φιλόδοξα σχέδια του Μωχάμετ Άλυ ενοχλούσαν πολλούς Άγγλους πολιτικούς, οι οποίοι επανειλημμένα έθεσαν το θέμα της κατάληψης της Κρήτης ή της απόσπασής της από την αιγυπτιακή κυριαρχία. Τέτοιες επώνυμες προτάσεις έγιναν μετά το κίνημα των Μουρνιδών, και το 1837, όταν είχε δημιουργηθεί πρόβλημα ετοιμότητας του βρετανικού ναυτικού στην Ανατολική Μεσόγειο, εξαιτίας των επεκτατικών σχεδίων της Ρωσίας. Η κατάληψη και οχύρωση του κόλπου της Σούδας και άλλων επίκαιρων θέσεων των κρητικών παραλίων ήταν στα άμεσα σχέδια των Άγγλων στρατιωτικών. Από τη δική τους πλευρά, οι Κρήτες άρχισαν να κατανοούν ότι η δύναμη των όπλων δεν ήταν αρκετή για τη λύση του Κρητικού Ζητήματος και ότι η ελευθερία και η εθνική αποκατάσταση του νησιού ήταν κυρίως θέμα της ευρωπαϊκής διπλωματίας, και περισσότερο της αγγλικής.

Καθώς μάλιστα η νέα δεσποτεία στην Κρήτη φαινόταν πανίσχυρη και η ξένη διπλωματία δεν έδειχνε καμιά διάθεση να ασχοληθεί με ένα ζήτημα, που μόλις πριν από λίγο το είχε κλείσει, πολλοί Κρήτες επαναστάτες και διανοούμενοι, που είχαν καταφύγει στην ελεύθερη Ελλάδα, άρχισαν να μεθοδεύουν νέα σχήματα ενεργειών. Επιτροπή Κρητών υπέβαλε στην Αγγλία στις 20 Νοεμβρίου 1839 πρόταση για αποικιακή κατοχή της νήσου ή ακόμη και για ανακήρυξή της σε αγγλικό προτεκτοράτο. Η Αγγλία, απασχολημένη με άλλα μείζονος σημασίας προβλήματα στην Ανατολή, δεν έδειξε τότε καμιά διάθεση να κινηθεί προς την κατεύθυνση αυτή. Είναι μάλιστα χαρακτηριστικό ότι και αυτός ο φιλέλληνας υπουργός λόρδος Πάλμερστον έδωσε την απάντηση: «...εφόσον η Κρήτη ανήκει de facto et de jure στο Σουλτάνο, θα ήταν αδύνατο για τη Μ. Βρετανία να αποσπάσει το νησί από τη φίλη και σύμμαχο της Τουρκία και να το υπαγάγει στις κτήσεις του Στέμματος». Αλλά και η επίσημη ελληνική πολιτική αποδοκίμαζε και καταδίκαζε τέτοιες κινήσεις, που όχι μόνο εγκυμονούσαν σοβαρούς κινδύνους για το μέλλον της Κρήτης, αλλά ήταν ενδεχόμενο να προκαλέσουν και για την ίδια την Ελλάδα περιπλοκές, που ίσως οδηγούσαν σε ελληνοτουρκικό πόλεμο.

Η μεγάλη κρίση του Ανατολικού Ζητήματος κατά τα έτη 1839-1841, με το δεύτερο τουρκοαιγυπτιακό πόλεμο, επηρέασε, όπως ήταν φυσικό, και τα κρητικά πράγματα. Η ήττα του Μωχάμετ Άλυ στη Συρία κλόνισε την αιγυπτιακή κυριαρχία στην Κρήτη. Οι Μεγάλες Δυνάμεις, των οποίων οι αντιθέσεις ευνοούσαν την Τουρκία, αφού το δόγμα της ακεραιότητάς της εξασφάλιζε τις λεπτές ισορροπίες της ευρωπαϊκής ειρήνης, αποφάσισαν με τη Συνθήκη του Λονδίνου (3 Ιουλίου 1840) να αποσπάσουν την Κρήτη από την Αίγυπτο και να την επαναφέρουν στην απόλυτη κυριαρχία του σουλτάνου.

Οι νέες αυτές εξελίξεις έδωσαν την ευκαιρία στους εξόριστους Κρήτες οπλαρχηγούς να επιστρέψουν στην Κρήτη και να οργανώσουν νέα επανάσταση, υπολογίζοντας να επαναφέρουν στο τραπέζι της διεθνούς διπλωματίας το Κρητικό Ζήτημα. Μαζί τους κατέβηκε στην Κρήτη και ο νεαρός τότε Έλληνας πολιτευτής Αλέξανδρος Κουμουνδούρος. Ο βασιλιάς Όθωνας και η τότε ελληνική κυβέρνηση ενθάρρυναν την επανάσταση, που την τοποθετούσαν μέσα στο γενικότερο πλαίσιο της μεγαλοϊδεατικής πολιτικής της εποχής. Η λεγόμενη «Φιλορθόδοξη Εταιρεία», πού, ας σημειωθεί, ήταν εχθρική προς τον Όθωνα, είχε προγραμματίσει ανάλογες εξεγέρσεις σε πολλές τουρκοκρατούμενες περιοχές. Όλοι πίστευαν ότι οι εξεγέρσεις αυτές θα επηρεάζονταν από την εξέλιξη της κρητικής επανάστασης.

Η επανάσταση, που εκδηλώθηκε μόλις το Φεβρουάριο του 1841 (επανάσταση Χαιρέτη και Βασιλογεώργη), είχε περιορισμένη έκταση και ήταν από την αρχή καταδικασμένη σε αποτυχία. Η ελληνική κυβέρνηση βρισκόταν σε παντελή αδυναμία να βοηθήσει τους επαναστάτες, ενώ οι Μεγάλες Δυνάμεις καταδίκασαν από την αρχή το κίνημα. Χαρακτηριστικό των νέων επαναστατικών ιδεών ήταν η οργάνωση της «Κρητών Πολιτείας».

Παρά την αποτυχία της, η νέα αυτή κρητική επανάσταση του 1841 έδωσε την ευκαιρία να προβληθούν αιτήματα, που μόνο πολύ αργότερα θα έβρισκαν τη λύση τους. Ένα υπόμνημα των επαναστατών της Δυτικής Κρήτης, που υποβλήθηκε στους προξένους των τριών Μεγάλων Δυνάμεων (Αγγλίας, Γαλλίας και Ρωσίας) στις 5 Απριλίου 1841, για την προστασία των δικαιωμάτων του κρητικού λαού και για την εθνική του ανεξαρτησία, δεν βρήκε καμιά ανταπόκριση. Είναι επίσης αξιοσημείωτο ότι κατά την επανάσταση αυτή προτάθηκε για πρώτη φορά από Κρήτες επαναστάτες η λύση της αυτονομίας του νησιού. Τη λύση αυτή την απέρριψαν επίσης οι Μ. Δυνάμεις, όχι μόνο γιατί θα αποτελούσε ένα προηγούμενο και για άλλες αλύτρωτες ελληνικές περιοχές, αλλά κυρίως γιατί θα ήταν η απαρχή νέων διεκδικήσεων για ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Για την αγγλική πολιτική, με την οποία συνέπλεε τώρα και η γαλλική, η ένωση με την Ελλάδα θα έφερνε την Κρήτη στη σφαίρα της ρωσικής επιρροής, και αυτό έπρεπε με κάθε τρόπο να αποτραπεί.

Η επαναφορά της Κρήτης στη σουλτανική εξουσία (Ιανουάριος 1841), δεν μετέβαλε τις βασικές αρχές της εσωτερικής διοίκησης του νησιού. Κάποιος επαναστατικός αναβρασμός σημειώθηκε το 1848, με αφορμή τα φιλελεύθερα κινήματα στην Ευρώπη το έτος εκείνο, αλλά οι συνθήκες δεν επέτρεπαν τώρα την έκρηξη νέας επανάστασης. Για λόγους στρατιωτικούς πάντως, ο σουλτάνος μετέφερε την πρωτεύουσα της Κρήτης από το Ηράκλειο στα Χανιά (1850), ώστε να βρίσκεται κοντά στο μεγάλο λιμάνι της Σούδας και στους στόλους των Μ. Δυνάμεων.

Σημαντικός σταθμός στις ιστορικές εξελίξεις υπήρξε ο Κριμαϊκός Πόλεμος (1853-1856). Με τη Συνθήκη των Παρισίων (1856) ο σουλτάνος υποχρεώθηκε να εκδώσει το περίφημο Χάττι Χουμαγιούν (Αυτοκρατορική Γραφή), με το οποίο παραχωρούσε για πρώτη φορά σημαντικά προνόμια στους χριστιανούς υπηκόους του (ανεξιθρησκία, προσωπική ελευθερία, εξασφάλιση της ιδιοκτησίας και της τιμής).

Η άρνηση των τουρκικών αρχών της Κρήτης να εφαρμόσουν και στο νησί τις διατάξεις του Χάττι Χουμαγιούν οδήγησε σε νέα επαναστατική ενέργεια, που είναι γνωστή ως «Κίνημα του Μαυρογένη», από το όνομα του Χανιώτη οπλαρχηγού Εμμανουήλ Μαυρογένη (14 Μαΐου 1858). Ο φόβος για μια νέα επανάσταση, σε περίοδο που η Τουρκία ήταν διεθνώς ταπεινωμένη, ανάγκασε τον σουλτάνο να διαπραγματευτεί με τους αρχηγούς των Κρητών. Στις 7 Ιουλίου 1858 εκδόθηκε σουλτανικό φιρμάνι με το οποίο παραχωρούνταν στους χριστιανούς της Κρήτης προνόμια θρησκευτικά, διοικητικά, φορολογικά και δικαστικά, καθώς επίσης και το δικαίωμα της οπλοφορίας. Ακόμη, παραχωρήθηκε το προνόμιο της οργάνωσης των χριστιανικών Δημογεροντιών, θεσμού μεγάλης σημασίας για την εσωτερική οργάνωση και τη ζωή των χριστιανικών κοινοτήτων. Οι Δημογεροντίες ανέλαβαν το σημαντικό έργο της κοινωνικής πρόνοιας και της παιδείας, με την ίδρυση νοσοκομείων και σχολείων.

Κατά την επόμενη δεκαετία, ως την έκρηξη της μεγάλης επανάστασης του 1866, η αγγλική προπαγάνδα προσπάθησε να καλλιεργήσει στην Κρήτη την ιδέα της δημιουργίας ενός «νησιωτικού ελληνικού κράτους», υπό αγγλική προστασία. Είναι η κίνηση των λεγόμενων «αντεπαναστατών», τους οποίους υποστήριζε και υποκινούσε ο Άγγλος Πρόξενος στα Χανιά Henry Ongley. Η ιδέα δεν βρήκε πρόσφορο έδαφος, καθώς προσέκρουσε στην καθολική αποδοκιμασία των Κρητών και οι ελάχιστοι υποστηρικτές της απομονώθηκαν ως προδότες της εθνικής ιδέας και διακωμωδήθηκαν με λαϊκές σάτιρες.