Ο Οργανικός Νόμος ίσχυσε για μια δεκαετία, ως τη νέα επανάσταση του 1878. Παρά τις θριαμβολογίες της Υψηλής Πύλης, που επιχειρούσε να παρουσιάσει τον Οργανικό Νόμο ως χειρονομία καλής θέλησης και ως απόδειξη παραχώρησης νέων προνομίων, ο νόμος αυτός ήταν στην πραγματικότητα φενάκη. Η μεγάλη αδικία σε βάρος του χριστιανικού στοιχείου του νησιού φάνηκε αμέσως με τις διατάξεις για την εκλογή αντιπροσώπων στη Γενική Συνέλευση. Οι 250.000 του χριστιανικού στοιχείου εξέλεγαν 38 αντιπροσώπους, ενώ οι μόλις 70.000 του μουσουλμανικού 36. Ακόμη και οι Εβραίοι, που ήταν μόλις 50 οικογένειες σε ολόκληρη την Κρήτη, εξέλεγαν 1 αντιπρόσωπο. Έτσι, από την αρχή ο Οργανικός Νόμος έγινε αντικείμενο λαϊκής σάτιρας, που εκφράστηκε με πολύ ενδιαφέροντα στιχουργήματα, τα οποία κυκλοφορούσαν ανώνυμα και πολλές φορές τοιχοκολλούνταν σε κεντρικούς δρόμους των κρητικών πόλεων ως παράνομες εφημερίδες τοίχου. Η λαϊκή έκφραση «Τση Κρήτης ο Οργανισμός του ντοβλετιού ο στολισμός» αποδίδει την απέχθεια που ένιωθαν οι Κρητικοί για το νέο αυτό κατασκεύασμα της Υψηλής Πύλης.

Οι τουρκικές αρχές της Κρήτης εφάρμοζαν κατά γράμμα τις διατάξεις του Οργανικού Νόμου και φυλάκιζαν ή εξόριζαν επιφανείς Κρήτες με την παραμικρή υποψία. Η κατάσταση κατά τα πρώτα χρόνια μετά την επανάσταση του 1866 ήταν αληθινά τραγική. Ο πληθυσμός είχε ελαττωθεί με τον πόλεμο και τους συνεχείς εκπατρισμούς, τα χωριά είχαν ερημωθεί, τα σπίτια ήταν ερειπωμένα και ακατοίκητα και τα κτήματα έμεναν ακαλλιέργητα. Η Υψηλή Πύλη φρόντιζε να στέλνει στην Κρήτη Γενικούς Διοικητές φανατικούς μουσουλμάνους, που διακατέχονταν από πνεύμα μισαλλοδοξίας. Το πνεύμα αυτό εξέφραζε, κατά την περίοδο αυτή, και το πανίσχυρο «κόμμα των μπέηδων», αντίθετο προς κάθε ιδέα παραχώρησης προνομίων και εξίσωσης του χριστιανικού με το μουσουλμανικό στοιχείο.

Από το 1871 η Τουρκία εισήλθε σε περίοδο πολιτικής αστάθειας, που χαρακτηρίζεται ως περίοδος του «οθωμανικού χάους». Την περίοδο αυτή της πολιτικής ρευστότητας και αστάθειας αναβίωσε το παλαιό σχέδιο της αγγλικής διπλωματίας, για την ίδρυση αγγλικού προτεκτοράτου στην Κρήτη. Την ιδέα υποστήριζαν οι αγγλόφιλοι Κρήτες, οι οποίοι όμως δεν διέθεταν λαϊκό έρεισμα. Άλλοι πολιτευτές του νησιού, που ήταν αντίθετοι προς την άποψη αυτή, προωθούσαν την ιδέα για ίδρυση «Ηγεμονίας», κατά το πρότυπο της Σάμου. Οι απόψεις αυτές είχαν απλώς θεωρητικό χαρακτήρα, αφού η Υψηλή Πύλη δεν είχε καμία διάθεση να μεταβάλει, με δική της μάλιστα πρωτοβουλία, το καθεστώς της Κρήτης. Το πρώτο τουρκικό σύνταγμα (σύνταγμα Μιδάτ), δεν προέβλεπε καμιά μεταβολή στο καθεστώς της Κρήτης, παρά τα έντονα διαβήματα των Κρητών.

Η νέα κρίση του Ανατολικού Ζητήματος, με την έκρηξη του ρωσοτουρκικού πολέμου την άνοιξη του 1877, ήταν μια καλή ευκαιρία για την οργάνωση νέου επαναστατικού κινήματος στην Κρήτη. Οργανώθηκαν αμέσως επαναστατικά κομιτάτα, εκλέχθηκε 24μελής Επιτροπή για τη διαχείριση του Κρητικού Ζητήματος και ιδρύθηκε στην Αθήνα το «Κρητικόν Κέντρον», για τη συγκέντρωση εφοδίων και όπλων. Ενώ άρχισαν να κατεβαίνουν στην Κρήτη οι εξόριστοι οπλαρχηγοί, η διαφαινόμενη ήττα της Τουρκίας ενθάρρυνε την ελληνική κυβέρνηση του Χαρίλαου Τρικούπη να δηλώσει απερίφραστα ότι θα υποστήριζε μια νέα επανάσταση στην Κρήτη (27 Δεκεμβρίου 1877).

Η επανάσταση εξερράγη τον Ιανουάριο του 1878 και πήρε αμέσως παγκρήτιες διαστάσεις. Η κατάρρευση της Τουρκίας στο ρωσοτουρκικό πόλεμο είχε άμεσες επιπτώσεις στην εξέλιξη του Κρητικού Ζητήματος. Το άρθρο 15 της Συνθήκης του Αγίου Στεφάνου (Φεβρουάριος 1878) υποχρέωνε την Τουρκία σε πλήρη εφαρμογή του Οργανικού Νόμου του 1868. Τον Ιούλιο 1878 οι Πρόξενοι των Μεγάλων Δυνάμεων στην Κρήτη επέβαλαν ανακωχή, με τη διαβεβαίωση ότι το Κρητικό Ζήτημα επρόκειτο να απασχολήσει το Συνέδριο του Βερολίνου, το οποίο θα αναθεωρούσε τη Συνθήκη του Αγίου Στεφάνου. Η Γενική Συνέλευση των Κρητών εξέλεξε δύο αντιπροσώπους για το Συνέδριο του Βερολίνου αλλά η ελληνική Κυβέρνηση, επειδή φοβόταν μήπως οι Κρήτες αντιπρόσωποι πιεσθούν και αποδεχθούν τη λύση της ηγεμονίας, εγκατέλειψε το πάγιο αίτημα της ένωσης και απαγόρευσε τη μετάβαση τους στο Βερολίνο.

Η απόφαση των Μεγάλων Δυνάμεων στο Συνέδριο του Βερολίνου δεν διέφερε ουσιαστικά από εκείνη του Αγίου Στεφάνου. Η απειλή όμως της συνέχισης της επανάστασης ανάγκασε την Τουρκία να δεχθεί πρόταση της Αγγλίας για νέες παραχωρήσεις στον κρητικό λαό. Αποτέλεσμα των νέων διαβουλεύσεων υπήρξε ο λεγόμενος «Χάρτης της Χαλέπας», μια νέα Σύμβαση, που υπογράφηκε τον Οκτώβριο 1878 στο ομώνυμο προάστιο των Χανίων και επικυρώθηκε αμέσως με σουλτανικό διάταγμα. Επρόκειτο για ένα νέο Οργανικό Νόμο, που ίσχυσε και αυτός για μια περίπου δεκαετία, ως την επανάσταση του 1889.

Οι κυριότερες διατάξεις του Χάρτη της Χαλέπας ήταν οι εξής:

1. Ο Γενικός Διοικητής της Κρήτης θα μπορούσε να είναι και χριστιανός. Η θητεία του ήταν πενταετής, με δυνατότητα ανανέωσης.
2. Ο Γενικός Διοικητής θα είχε ένα σύμβουλο από το άλλο θρήσκευμα (μουσουλμάνο, άν ήταν χριστιανός, και χριστιανό, αν ήταν μουσουλμάνος).
3. Η Γενική Συνέλευση (= Βουλή), στην οποία θα πλειοψηφούσαν για πρώτη φορά οι χριστιανοί, θα είχε 80 μέλη (49 χριστιανούς και 31 μουσουλμάνους).
4. Ιδρύθηκε Κρητική Χωροφυλακή.
5. Αναγνωρίστηκε η ελληνική ως επίσημη γλώσσα των δικαστηρίων και της Γενικής Συνέλευσης. Μόνο τα επίσημα πρακτικά, οι αποφάσεις των δικαστηρίων και η επίσημη αλληλογραφία θα συντάσσονταν και στις δύο γλώσσες.
6. Χορηγήθηκε γενική αμνηστία.
7. Θεσμοθετήθηκαν σημαντικές φορολογικές ελαφρύνσεις.
8. Παραχωρήθηκε για πρώτη φορά το δικαίωμα της ίδρυσης Φιλολογικών Συλλόγων και της έκδοσης εφημερίδων.

Η Σύμβαση της Χαλέπας ήταν ένα νέο βήμα προς τη λύση του Κρητικού Ζητήματος. Δημιουργούσε ένα καθεστώς ημιαυτόνομης επαρχίας, με ιδιαίτερα προνόμια. Οι ρυθμίσεις της Σύμβασης αυτής άλλαξαν για πρώτη φορά τη μορφή της ζωής στην Κρήτη και ανέτρεψαν υπέρ των Χριστιανών την έως τότε κατάσταση.

Το αποτέλεσμα των ευεργετικών διατάξεων της Σύμβασης της Χαλέπας φάνηκε αμέσως. Η Υψηλή Πύλη διόρισε χριστιανό Γενικό Διοικητή, τον Αλέξανδρο Καραθεοδωρή, τον οποίο διαδέχθηκε ένας πολύ μορφωμένος και δραστήριος άνθρωπος, ο Ιωάννης Φωτιάδης, που είχε και διοικητική και διπλωματική εμπειρία, καθώς είχε χρηματίσει πρεσβευτής της Τουρκίας στην Αθήνα. Διοίκησε την Κρήτη ως το 1885, με φρόνηση και δικαιοσύνη. Υποστήριξε την παιδεία, με την ίδρυση σχολείων, και προώθησε τη λύση μεγάλων και σοβαρών οικονομικών προβλημάτων. Στις μεγάλες πόλεις ιδρύθηκαν Φιλεκπαιδευτικοί Σύλλογοι, και λήφθηκαν μέτρα για την προστασία των αρχαιοτήτων του νησιού. Είναι βέβαιο ότι χωρίς τα μέτρα αυτά πολλά από τα τεκμήρια της κρητικής αρχαιότητας θα βρίσκονταν σήμερα σε ξένες χώρες.

Η παραχώρηση του δικαιώματος για έκδοση εφημερίδων άνοιξε το δρόμο στην κρητική δημοσιογραφία. Είναι αξιοσημείωτο ότι ήδη από το 1880 παρατηρείται στην Κρήτη ένας αληθινός δημοσιογραφικός πυρετός, με την ίδρυση και έκδοση για πρώτη φορά ελληνικών εφημερίδων, με μαχητικούς δημοσιογράφους, που ριψοκινδύνευαν καθημερινά, απειλούμενοι με φυλακίσεις και εξορίες από τους Τούρκους.

Αλλά τη θετική αυτή εικόνα ήλθε να σκιάσει το πάθος των κομματικώνανταγωνισμών. Τη δεκαετία αυτή, η Κρήτη γνώρισε περίοδο κομματικών φατριασμών, που είχαν σοβαρότατες επιπτώσεις στην εσωτερική ενότητα του χριστιανικού στοιχείου και στην ομαλή εξέλιξη του πολιτικού βίου. Δύο μεγάλα κόμματα είχαν ιδρυθεί, οι Καραβανάδες και οι Ξυπόλυτοι, με διαφορετικές απόψεις και θέσεις για το Κρητικό Ζήτημα. Τα δύο αυτά κόμματα όξυναν τα πολιτικά πάθη, που πολλές φορές προκάλεσαν πράξεις βίας, καταστροφές και φόνους. Το Κρητικό Ζήτημα φαινόταν τώρα να έχει λησμονηθεί μέσα στη δίνη των πολιτικών παθών.

Το 1888 προβλήθηκε για μια ακόμη φορά η ιδέα της αγγλικής προστασίας, που όμως απορρίφθηκε από τους περισσότερους πολιτικούς και στρατιωτικούς αρχηγούς. Στην εφημερίδα «Λευκά Όρη», ο Ελευθέριος Βενιζέλος, νεαρός δικηγόρος τότε και ανατέλλων αστήρ στο πολιτικό στερέωμα της Κρήτης, έγραφε: «Προτιμώμεν χιλιάκις την τουρκικήν κυριαρχίαν από πάσης αγγλικής». Ήταν βέβαιο ότι η τουρκική κυριαρχία στην Κρήτη θα καταλυόταν γρήγορα, ενώ η αποτίναξη μιας ενδεχόμενης αγγλικής κατοχής θα ήταν δύσκολη και ίσως αδύνατη και έτσι, ο εθνικός πόθος της Κρήτης δεν θα μπορούσε να βρει δικαίωση.

Το 1888 είχαν προκηρυχθεί εκλογές για την ανάδειξη πληρεξουσίων για τη Γενική Συνέλευση. Στις εκλογές αυτές κέρδισε το κόμμα των Ξυπόλυτων. Το κόμμα των Καραβανάδων, που υποστήριζε ότι οι εκλογές δεν είχαν διεξαχθεί ομαλά, αντέδρασε με τρόπο απροσδόκητο και απερίσκεπτο. Στη Γενική Συνέλευση της 6ης Μαΐου 1889 κατέθεσε αιφνιδιαστικά σχέδιο Ψηφίσματος, με το οποίο κήρυττε την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η πράξη κρίθηκε ευθέως ανατρεπτική, η Συνέλευση διαλύθηκε, τα στελέχη των Καραβανάδων κατέφυγαν στα βουνά και κήρυξαν νέα ένοπλη επανάσταση.

Η άκαιρη και επιπόλαιη αυτή ενέργεια είχε ολέθριες συνέπειες για το Κρητικό Ζήτημα. Στο νησί κηρύχθηκε ο στρατιωτικός νόμος και σημειώθηκαν βιαιοπραγίες και ληστρικές ενέργειες σε βάρος του άμαχου χριστιανικού πληθυσμού. Παράλληλα η Υψηλή Πύλη, με το πρόσχημα ότι κινδυνεύουν στην Κρήτη οι κοινοβουλευτικοί θεσμοί, ανακάλεσε τα προνόμια του Χάρτη της Χαλέπας (17 Δεκεμβρίου 1889). Στην Κρήτη επανήλθε η τρομοκρατία περασμένων καιρών και επιβλήθηκε επαχθέστατη φορολογία.

Η πενταετία 1889-1894 χαρακτηρίζεται ως η πιο ζοφερή περίοδος της τουρκοκρατίας στην Κρήτη.Η προσωπική ελευθερία, η περιουσία και η τιμή των Κρητών ήταν στη διάκριση των εξαγριωμένων ατάκτων Οθωμανών (βασιβουζούκων), που μαζί με φανατισμένους τουρκοκρητικούς δημιούργησαν παντού κλίμα φόβου και ανασφάλειας. Οι νυκτερινές επιθέσεις σε χωριά, οι διώξεις των κληρικών, οι δολοφονίες και οι βεβηλώσεις ναών και μοναστηριών ήταν φαινόμενο καθημερινό.

Την περίοδο αυτή της μεγάλης αναρχίας γεννήθηκε η ιδέα της «Μεταπολιτεύσεως», δηλαδή ενός καθεστώτος αυτόνομης ή ημιαυτόνομης πολιτείας υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου και υπό την προστασία των Μ. Δυνάμεων. Εμπνευστής της ιδέας αυτής ήταν ο Σφακιανός πολιτευτής Μανούσος Κούνδουρος, ο οποίος πίστευε ότι οι συνθήκες που επικρατούσαν δεν επέτρεπαν την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα και έπρεπε να μεθοδευτούν λύσεις άλλου τύπου, δηλαδή ενός καθεστώτος προσωρινού, που θα αποτελούσε το προστάδιο για την οριστική λύση του Κρητικού Ζητήματος. Τις ιδέες αυτές φαινόταν να ασπάζεται και ο Άγγλος Πρόξενος στα Χανιά. Ένα υπόμνημα του Κούνδουρου, υποβλήθηκε στους Προξένους των Μεγάλων Δυνάμεων. Τρία ήταν τα κύρια σημεία του υπομνήματος:

1. Να ανακηρυχθεί η Κρήτη αυτόνομη πολιτεία φόρου υποτελής στον σουλτάνο, έναντι 15.000 οθωμανικών λιρών ετησίως.
2. Να διορίζεται χριστιανός διοικητής με πενταετή θητεία, χωρίς να έχει ο σουλτάνος δικαίωμα να τον παύσει ή να τον αντικαταστήσει.
3. Να επαναχορηγηθούν με ουσιώδεις βελτιώσεις όλα τα προνόμια του Χάρτη της Χαλέπας, που είχαν ανακληθεί μετά την επανάσταση του 1889.

Η πράξη αυτή θεωρήθηκε ευθέως επαναστατική ενέργεια και ο Γενικός Διοικητής διέταξε να συλληφθούν οι αρχηγοί της «Μεταπολιτεύσεως». Έτσι άρχισε η νέα και τελευταία περίοδος των κρητικών επαναστάσεων, οι οποίες οδήγησαν το Κρητικό Ζήτημα στη λύση του. Οργανώθηκε πάλι στην Κρήτη η «Γενική Επαναστατική των Κρητών Συνέλευσις» και ανασυστάθηκε στην Αθήνα η «Κεντρική υπέρ των Κρητών Επιτροπή» .

Οι βιαιότητες που είχαν διαπραχθεί σε βάρος των χριστιανών είχαν προκαλέσει μεγάλη ένταση και φανερή διάθεση αντεκδικήσεων από μέρους των επαναστατών. Μπροστά σ' αυτήν την κατάσταση, οι Μ. Δυνάμεις επενέβησαν και ανάγκασαν την Τουρκία να παραχωρήσει ένα νέο «Οργανικό Νόμο», που προέβλεπε την επαναφορά του Χάρτη της Χαλέπας, με βελτιώσεις των προνομίων. Ο νέος αυτός κανονισμός παρείχε για πρώτη φορά στις Μ. Δυνάμεις της Ευρώπης το δικαίωμα επέμβασης, για την προστασία του άμαχου πληθυσμού από τις συνεχείς και ανεξέλεγκτες βιαιοπραγίες.

Η αντίδραση του ντόπιου μουσουλμανικού στοιχείου, και κυρίως των Τουρκοκρητών και των ατάκτων (βασιβουζούκων),στην εφαρμογή του νέου Οργανισμού ήταν και πάλι βίαιη. Μπροστά σ' αυτήν την κατάσταση, οι επαναστάτες των Χανίων, μεταξύ των οποίων ηγετική θέση είχε ήδη ο Ελευθέριος Βενιζέλος, υπέγραψαν, στο Ακρωτήρι, Ψήφισμα (25 Ιανουαρίου 1897), με το οποίο κήρυτταν την κατάλυση της τουρκικής κατοχής της Κρήτης και την ένωση με την Ελλάδα και καλούσαν το βασιλιά Γεώργιο Α' να καταλάβει το νησί. Παρόμοια ψηφίσματα υπέγραψαν αμέσως και υπέβαλαν στις Μ. Δυνάμεις της Ευρώπης όλες οι επαναστατικές οργανώσεις της Κρήτης. Σε λίγες ημέρες η επανάσταση είχε γενικευθεί και ολόκληρη η Κρήτη βρισκόταν σε επαναστατικό πυρετό, με το σύνθημα «Ένωσις ή Θάνατος». Ο διορισμός του Άγγλου Μπορ, ως αρχηγού της κρητικής χωροφυλακής, ήταν μια προσπάθεια της Υψηλής Πύλης να δείξει ότι σέβεται τις διεθνείς συνθήκες, αλλά η ενέργεια αυτή δεν είχε κανένα αποτέλεσμα.

Παράλληλα με τον επαναστατικό αναβρασμό, κορυφώθηκε και η διπλωματική κίνηση για το Κρητικό Ζήτημα. Οι Μεγάλες Δυνάμεις αποφάσισαν να επέμβουν στην Κρήτη, για την προστασία του άμαχου πληθυσμού, σύμφωνα με τον ισχύοντα Οργανικό Νόμο. Η Ελληνική Κυβέρνηση, έπειτα από μια περίοδο αναποφασιστικότητας, έσπευσε και αυτή να προλάβει την επέμβαση των Μ. Δυνάμεων και πήρε την απόφαση να αποστείλει στην Κρήτη στρατεύματα και να την καταλάβει στο όνομα του βασιλιά των Ελλήνων. Η επιχείρηση ανατέθηκε στο συνταγματάρχη του πυροβολικού Τιμολέοντα Βάσσο, ο οποίος αποβιβάστηκε στην Κρήτη την 1η Φεβρουαρίου 1897 και με προκήρυξη προς τον Κρητικό Λαό ανακοίνωσε την κατοχή της Κρήτης από τον ελληνικό στρατό, την κατάλυση των νόμων της Οθωμανικής αυτοκρατορίας και την εφαρμογή του ελληνικού συντάγματος και της ελληνικής νομοθεσίας.

Η νέα αυτή τροπή των πραγμάτων εξόργισε τις Μ. Δυνάμεις, οι οποίες έσπευσαν να αποκλείσουν τα κρητικά παράλια και να αποβιβάσουν στρατιωτικά αγήματα στα Χανιά. Η Κρήτη τέθηκε για πρώτη φορά επίσημα υπό διεθνή προστασία. Οι πρώτες στρατιωτικές επιτυχίες των Ελλήνων και των επαναστατών ανάγκασαν τις Μ. Δυνάμεις να επέμβουν, προτείνοντας για πρώτη φορά επίσημα τη λύση της αυτονομίας (17 Φεβρουαρίου 1897). Όμως, τόσο οι Κρήτες πολιτικοί και στρατιωτικοί αρχηγοί, όσο και η ελληνική κυβέρνηση την απέρριψαν κατηγορηματικά.⁵

Η ενεργός ανάμειξη της Ελλάδας στην επανάσταση της Κρήτης ήταν η αφορμή του ατυχούς ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897. Η Ελλάδα υποχρεώθηκε να ανακαλέσει τις δυνάμεις της από την Κρήτη (21 Απριλίου) και το κρητικό όνειρο για την ένωση φάνηκε να διαψεύδεται για μια ακόμη φορά. Έτσι, οι ηγέτες των Κρητών αποφάσισαν να δεχθούν την προτεινόμενη από τις Μεγάλες Δυνάμεις λύση της αυτονομίας, την οποία ως τότε απέρριπταν κατηγορηματικά.

Τα πιο ακανθώδη σημεία στην πρόταση των Μεγάλων Δυνάμεων ήταν η μορφή του νέου πολιτεύματος και, κυρίως, το πρόσωπο του πρώτου ηγεμόνα. Οι Κρήτες ζητούσαν να είναι Ευρωπαίος «διότι μόνον Ευρωπαίος Κυβερνήτης θα κέκτηται και εξωτερικός το αναγκαίον κύρος, όπως υποστηρίξη τελεσφόρως την αυτονομίαν τον τόπου κατά ενδεχομένην επέμβασιν και επιβουλήν της Πύλης». Στο πρόσωπο όμως κοινής αποδοχής από την Ευρώπη δεν μπορούσαν να συμφωνήσουν μεταξύ τους οι Μ. Δυνάμεις, και έτσι πρότειναν και επέβαλαν ως Ύπατο Αρμοστή τον πρίγκιπα Γεώργιο, δευτερότοκο γιο του βασιλιά Γεωργίου Α' της Ελλάδας.

Τα όπλα είχαν πλέον σιγήσει, αλλά δεν είχαν κατατεθεί. Στις επανειλημμένες εκκλήσεις και πιέσεις των Ναυάρχων των Μ. Δυνάμεων για αφοπλισμό, οι Κρήτες έθεταν ως απαράβατο όρο και προϋπόθεση την απομάκρυνση από την Κρήτη του τουρκικού στρατού, ο οποίος ήταν το σύμβολο της τουρκικής κατοχής αλλά και το στήριγμα των ατάκτων και των Τουρκοκρητών. Η Κρήτη τέθηκε υπό διεθνή προστασία με διανομή των περιφερειών της μεταξύ των Δυνάμεων. Την περιοχή των Χανίων ανέλαβαν Γάλλοι, του Ρεθύμνου Ρώσοι, του Ηρακλείου Άγγλοι και του Λασιθίου Ιταλοί. Η Εκτελεστική Επιτροπή της Κρήτης εργάστηκε σκληρά για την οργάνωση των επιμέρους θεμάτων της διοίκησης του νησιού, σε στενή συνεργασία με τις κατά τόπους επαναστατικές επιτροπές και υπό την εποπτεία και την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων. Το πρόβλημα ήταν η ομαλή μετάβαση της εξουσίας στο πρόσωπο του Ύπατου Αρμοστή.

Για την ομαλή μετάβαση της εσωτερικής διοίκησης της Κρήτης από το σουλτανικό σύστημα στο νέο καθεστώς της αυτονομίας, έπρεπε να εγκατασταθούν στις διάφορες θέσεις οι νέοι υπάλληλοι του Εκτελεστικού της Κρήτης. Καθώς απόσπασμα του αγγλικού στρατού εγκαθιστούσε στο Ηράκλειο τους φορολογικούς υπαλλήλους το πρωί της 25ης Αυγούστου 1898, εξαγριωμένοι Τούρκοι, με την παρότρυνση των τουρκικών στρατιωτικών και διοικητικών αρχών, κινήθηκαν σε μια πρωτοφανούς αγριότητας σφαγή του άμαχου πληθυσμού, σε εμπρησμούς και λεηλασίες σπιτιών και καταστημάτων των χριστιανών. Μεταξύ των θυμάτων ήταν και ο Λυσίμαχος Καλοκαιρινός, Υποπρόξενος της Αγγλίας στο Ηράκλειο, καθώς και 17 Άγγλοι στρατιώτες. Ο αγγλικός στόλος αναγκάστηκε να κανονιοβολήσει την πόλη, ολοκληρώνοντας την καταστροφή.