Μετά την εξέγερση των ναυτικών νησιών και της Σάμου, οι Τούρκοι φοβήθηκαν ότι το πυκνό ελληνικό στοιχείο των δυτικών μικρασιατικών παραλίων δεν θα παρέμενε αδρανές. Ο αναβρασμός που επικρατούσε στις ελληνικές πόλεις της Μικράς Ασίας, οι παράτολμες επιδρομές Σαμίων και Ψαριανών στις μικρασιατικές ακτές και η εμφάνιση ελληνικών πλοίων κοντά στις Κυδωνιές (Αϊβαλί) και τη Σμύρνη εξώθησαν τους Τούρκους σε μέτρα τρομοκράτησης των ελληνικών πληθυσμών. Οι βιαιοπραγίες των Τούρκων στην Κωνσταντινούπολη λειτούργησαν ως σήμα κινδύνου για αρκετούς εύπορους Έλληνες των Κυδωνιών, οι οποίοι προτίμησαν για ασφάλεια να διαπεραιωθούν εσπευσμένα στην απέναντι Λέσβο. Ακολούθησε η καταστροφή της πόλης των Κυδωνιών από τουρκικά στρατεύματα στις αρχές Ιουνίου του 1821, που οδήγησε τους έντρομους κατοίκους της σε άτακτη φυγή στα Ψαρά, ενώ πλήθος φυγάδων από τα λεηλατημένα χωριά γύρω από τις Κυδωνιές κατέφυγε στη Λέσβο.

Νοτιότερα, στη Σμύρνη, όταν οι κάτοικοι πληροφορήθηκαν την τραγική τύχη των Κυδωνιών, επιβιβάστηκαν σε εμπορικά πλοία και διασκορπίστηκαν σε διάφορα νησιά του Αιγαίου πελάγους και την Πελοπόννησο.

Στα Ψαρά και τη Σάμο κατέφυγαν και οι διωκόμενοι από το εσωτερικό της Μικράς Ασίας, επιχειρώντας να γλιτώσουν από τις διώξεις και τις επιθέσεις των ατάκτων*.

Στο προσφυγικό ρεύμα της ίδιας περιόδου μπορούν να συμπεριληφθούν και οι πρόσφυγες από την Κωνσταντινούπολη και την Κύπρο. Οι πρώτοι, κυρίως Φαναριώτες, ήδη πριν από τις ταραχές στην Πόλη, άρχισαν να συρρέουν στην επαναστατημένη Ελλάδα, όπου πολύ γρήγορα διακρίθηκαν στην πολιτική οργάνωση του επαναστατημένου έθνους. Πολλοί Κύπριοι, για να αποφύγουν τις διώξεις των Τούρκων, κατέφυγαν στα Προξενεία των Μεγάλων Δυνάμεων και κατόπιν μεταφέρθηκαν με ξένα πλοία σε λιμάνια της Ιταλίας και της Γαλλίας.

Στην Γ' Εθνοσυνέλευση (1826-1827) διάφορες ομάδες προσφύγων που είχαν καταφύγει στην ελεύθερη Ελλάδα επιχείρησαν να θέσουν το αίτημα της αποκατάστασής τους και ειδικά της μόνιμης εγκατάστασής τους. Γι' αυτό επιδίωξαν την εκπροσώπησή τους στη Συνέλευση. Από τους Μικρασιάτες, μόνο οι Σμυρναίοι ενεργοποιήθηκαν προς αυτήν την κατεύθυνση. Ζητούσαν από τη Συνέλευση: α) να εκπροσωπούνται σ' αυτήν και β) να προσδιοριστεί τόπος για τη δημιουργία συνοικισμού τών διασκορπισμένων ελεύθερων Σμυρναίων. Μόνο το αίτημα του τόπου έγινε καταρχήν δεκτό. Αποφασίστηκε να δοθεί χώρος στην περιοχή του Ισθμού για να δημιουργηθεί πόλη με την επωνυμία «Νέα Σμύρνη». Η Συνέλευση παρέπεμψε το θέμα στη Βουλή, η οποία όμως δεν το προώθησε.

Στις Βόρειες Σποράδες (Σκιάθο, Σκόπελο, Σκύρο) και το Τρίκερι της Μαγνησίας κατέφυγαν αρχικά κάτοικοι της Θεσσαλομαγνησίας και της Κεντρικής Μακεδονίας, μετά την προέλαση των τουρκικών στρατευμάτων και την αποτυχία του επαναστατικού κινήματος στη Μαγνησία και τη Χαλκιδική (άνοιξη 1821). Το επόμενο έτος, μετά την καταστολή του κινήματος στον Όλυμπο, κατέφυγαν στις Σποράδες πολλοί αγωνιστές και οπλαρχηγοί από τη Μακεδονία και τον Όλυμπο. Μικρός αριθμός κατευθύνθηκε στη συνέχεια στις Κυκλάδες και κάποιοι μεμονωμένοι στη Στερεά Ελλάδα.

Οι Σουλιώτες πρόσφυγες έφτασαν σε μια περίοδο κατά την οποία το Μεσολόγγι, μετά την εκδίωξη των Τούρκων από τη Δυτική Στερεά, είχε πλέον επιβαρυνθεί υπερβολικά. Οι εγχώριοι δυσφορούσαν έντονα γι' αυτήν τη συνεχή εισροή προσφυγικών πληθυσμών. Για να ανακουφιστεί η πόλη, το Βουλευτικό παραχώρησε στους Σουλιώτες το Ζαπάντι, βορειοδυτικά του Αγρινίου Οργανωμένες όμως αντιδράσεις των ντόπιων ματαίωσαν τη σχεδιαζόμενη παραχώρηση γης για εγκατάσταση προσφύγων. Παρά την αποτυχία, η απόφαση αυτή αποτελεί την πρώτη ιδέα για αποκατάσταση προσφύγων στα χρόνια του Αγώνα και έφερε στο προσκήνιο το ζήτημα αξιοποίησης των «εθνικών γαιών», που επρόκειτο να απασχολήσει αργότερα το νεοελληνικό κράτος.

Από τους Ηπειρώτες πρόσφυγες, πρώτοι οι Σουλιώτες πέτυχαν να εκπροσωπηθούν στην Γ' Εθνοσυνέλευση, όπου έθεσαν ως βασικό θέμα την παραχώρηση τόπου για μόνιμη εγκατάσταση.

Από τον πρώτο κιόλας χρόνο της Επανάστασης, οπλοφόροι Κρήτες κατέφυγαν, αρχικά σε μικρό αριθμό, στις Κυκλάδες. Μετά την καταστροφή της Κάσου από τον αιγυπτιακό στόλο το 1824, οι Κάσιοι αλλά και οι Κρήτες που είχαν καταφύγει εκεί, κατευθύνθηκαν σε άλλα νησιά του Αιγαίου. Η άφιξη των Κρητών προκάλεσε αναταραχή στο κεντρικό Αιγαίο. Ως τα μέσα της δεκαετίας, οι ένοπλοι Κρήτες πρόσφυγες είχαν αποβεί κυρίαρχοι σε βάρος των εγχωρίων. Άλλη ομάδα Κρητών προσφύγων του 1823-1824 κατέφυγε στην Πελοπόννησο. Στην Αργολίδα η κυβέρνηση μερίμνησε για τη διατροφή και περίθαλψή τους.

Μετά την καταστροφή της Χίου και τη μαζική μεταφορά των κατοίκων της στα Ψαρά, ανέκυψε πρόβλημα από το πλήθος των προσφύγων που κατέκλυσε το νησί. Οι Ψαριανοί έδειξαν και πάλι φροντίδα, παραχωρώντας στους Χίους πρόχειρα καταλύματα. Το αδιαχώρητο που δημιουργήθηκε αντιμετωπίστηκε, όπως και παλαιότερα, με τη μεταφορά μεγάλου αριθμού Χίων στις Κυκλάδες και την Πελοπόννησο. Γενικά, η διάθεση των Κυκλαδιτών απέναντι τους ήταν φιλική και οι Χίοι προσαρμόστηκαν εύκολα.

Όσοι μεταφέρθηκαν στην Πελοπόννησο, βρέθηκαν στην πυρπολημένη Κόρινθο πεινασμένοι και χωρίς καμία περίθαλψη. Μερικοί αποβιβάστηκαν στον Πειραιά και από εκεί πήγαν στην Αθήνα. Η κυβέρνηση έδειξε φροντίδα για όλους αυτούς: παραχώρησε χώρους στέγασης και καταλύματα και ανέλαβε τη δαπάνη της συντήρησης των απόρων, των χηρών και των ορφανών. Στη συνέχεια διαμοίρασε τους πρόσφυγες σε γύρω χωριά και κωμοπόλεις και ζήτησε από τους προκρίτους να τους φροντίζουν. Τα μέτρα περίθαλψης όμως ατόνησαν μέσα σ' ένα μήνα, γιατί έπρεπε η κυβέρνηση να εξοικονομήσει πόρους για την προετοιμασία της άμυνας, ενόψει της επικείμενης εκστρατείας του Δράμαλη.

Η νοσταλγία για την ιδιαίτερη πατρίδα τους και οι κακουχίες στην προσφυγιά τόνωσαν την επιθυμία των Χίων να επιστρέψουν στο νησί τους, έστω κι αν αυτό βρισκόταν υπό τουρκική κατοχή. Από τον Οκτώβριο του 1822, αρκετοί άρχισαν να επιστρέφουν. Όσοι παρέμειναν, αντίθετα με άλλους πρόσφυγες, εργάστηκαν σε όλη τη διάρκεια της Επανάστασης, όχι για αποκατάσταση στους τόπους που είχαν προσφύγει, αλλά για ανακατάληψη του νησιού τους. Η αποτυχημένη επιχείρηση του Φαβιέρου (1827-1828), που προετοιμάστηκε από Χίους πρόσφυγες για το σκοπό αυτό, έθεσε άδοξο τέλος σε αυτές τις προσπάθειες και γέννησε νέο κύμα Χίων προσφύγων προς τη Σάμο και τις Κυκλάδες.

Τον Ιούνιο του 1824 σήμανε η ώρα της προσφυγιάς και για τους Ψαριανούς. Περίπου 3.600 εγκατέλειψαν το κατεστραμμένο νησί, με προορισμό άλλα νησιά του Αιγαίου. Λίγοι κατέφυγαν στο Ναύπλιο.

Στις Κυκλάδες, όπου κυρίως κατευθύνθηκαν, δεν αντιμετωπίστηκαν παντού με τον ίδιο τρόπο. Ευπρόσδεκτοι ήταν στην Τήνο, η κοινότητα της οποίας μερίμνησε άμεσα για τη συντήρησή τους. Από εκεί οι περισσότεροι μετοίκησαν στη γειτονική Σύρο ή επέστρεψαν αργότερα στις εστίες τους. Στην Πάρο και την Άνδρο αντιμετώπισαν προβλήματα με τους ντόπιους. Αντίθετα, οι Σπετσιώτες τούς συμπεριφέρθηκαν ευσπλαχνικά, ξεχνώντας τους παλιούς ανταγωνισμούς των δύο ναυτικών νησιών. Όταν όμως οι Ψαριανοί έδειξαν διάθεση να εγκατασταθούν μόνιμα στις Σπέτσες, οι Σπετσιώτες αντέδρασαν. Έτσι οι Ψαριανοί αναγκάστηκαν να μετοικήσουν και, με κυβερνητική άδεια, να εγκατασταθούν στη Μονεμβασιά.

Η κυβέρνηση φρόντισε για τη στέγασή τους, όρισε να εισπράττουν ένα μέρος από τους φόρους της περιοχής και κατάρτισε κατάλογο των αιχμαλώτων Ψαριανών για την εξαγορά τους. Παρ' όλα αυτά, οι Ψαριανοί της Μονεμβασιάς θεώρησαν ότι δεν αντιμετωπίστηκε ικανοποιητικά η κατάστασή τους, που επιδεινώθηκε δραματικά με το ξέσπασμα θανατηφόρου επιδημίας. Οι περισσότεροι Ψαριανοί έφυγαν αργότερα από τη Μονεμβασιά και διασκορπίστηκαν πάλι στις Κυκλάδες. Στην Αίγινα, περισσότερο απ' οπουδήποτε αλλού, βρήκαν το χώρο της μόνιμης εγκατάστασης που επιδίωκαν. Ανέπτυξαν μεγάλη δραστηριότητα στα κοινά θέματα του νησιού, αλλά και στις υποθέσεις του έθνους γενικότερα. Ίδρυσαν σχολείο, διέδωσαν τα έθιμά τους και μέχρι τα μέσα του αιώνα διατήρησαν το κοινοτικό τους σύστημα.

Στην Γ' Εθνοσυνέλευση οι Ψαριανοί ζήτησαν με καθυστέρηση να καθοριστεί τόπος προσφυγικού συνοικισμού τους. Έχοντας εξασφαλίσει στην πράξη χώρο εγκατάστασης στην Αίγινα δεν πιέζονταν, όπως άλλοι.

Αξίζει να δούμε αναλυτικότερα τη δημιουργία της Ερμούπολης στη Σύρο. Αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα ίδρυσης και εξέλιξης ενός αυτοτελούς και ακμαίου προσφυγικού συνοικισμού κατά τη διάρκεια της Επανάστασης, ο οποίος βασίστηκε στην πρωτοβουλία των οικιστών του, χωρίς κυβερνητική αρωγή. Η περιοχή, που το 1825 πήρε το όνομα Ερμούπολη από τους πρόσφυγες οικιστές της, άρχισε να συγκεντρώνει από το 1821 έως το 1824 Έλληνες πρόσφυγες απ' όλα τα μέρη της Ελλάδας: Μικρασιάτες, Ψαριανούς, Κρήτες και κυρίως Χίους. Η συμφόρηση που είχε επέλθει στα γειτονικά νησιά, η θέση του λιμανιού και η ουδέτερη στάση που τηρούσε το νησί στα πρώτα χρόνια της Επανάστασης προκάλεσαν την αθρόα προσέλευση. Οι ντόπιοι Συριανοί κατοικούσαν στην Άνω Σύρο, μακριά από την παραλία, στην οποία συγκεντρώθηκαν οι νεοφερμένοι. Σύντομα η αυξημένη προσέλευση προσφύγων προκάλεσε την επιφυλακτικότητα και, στη συνέχεια, τις αντιδράσεις των ντόπιων, κυρίως λόγω κτηματικών διαφορών. Τη διάσταση υποδαύλιζε επιπλέον η διαφορά δόγματος μεταξύ των καθολικών ντόπιων και των ορθόδοξων προσφύγων.

Γενικά, το προσφυγικό ζήτημα στη διάρκεια της Επανάστασης δεν αντιμετωπίστηκε μεθοδικά εκ μέρους της πολιτικής ηγεσίας των Ελλήνων. Όπου έγιναν προσπάθειες για την περίθαλψη και την ενσωμάτωση των προσφύγων, αυτές στηρίχθηκαν στον αυθορμητισμό και τη συμπαράσταση των κατά τόπους ελληνικών κοινοτήτων ή σε εντελώς προσωρινά μέτρα των κυβερνήσεων. Αιτήματα προσφύγων τέθηκαν, αλλά όχι προσφυγικό ζήτημα συνολικά. Μόνο στην Γ' Εθνική Συνέλευση το προσφυγικό προβλήθηκε εντονότερα από τις διάφορες προσφυγικές ομάδες, που ζήτησαν την εκπροσώπησή τους στη Συνέλευση, για να προωθήσουν το αίτημα παροχής χώρου για μόνιμη εγκατάσταση στην ελεύθερη Ελλάδα. Το ψήφισμα της 5ης Μαΐου 1827, με το οποίο καλούνταν όλοι οι ορθόδοξοι «όσων αι πόλεις κατεστράφησαν, να προσέλθουν εις την Βουλήν να ζητήσουν τόπον και να εγείρουν νέας πόλεις», έδειχνε την τάση να επικρατήσει μία ευρύτερη αντίληψη για το προσφυγικό. Ωστόσο, οι επαναστατικές κυβερνήσεις δεν προχώρησαν στην υλοποίηση των αποφάσεών τους και δεν οργάνωσαν συνοικισμούς προσφύγων. Οι δυσμενέστατες συνθήκες κατά την Επανάσταση αλλά και οι κατά τόπους αντιδράσεις εμπόδισαν την εφαρμογή μέτρων για την επίλυση του προβλήματος.