Η αδυναμία των επαναστατικών κυβερνήσεων να ασχοληθούν συστηματικά με το προσφυγικό ζήτημα κληροδότησε ένα ακόμη ακανθώδες πρόβλημα στον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια. Σε μια ρημαγμένη Ελλάδα, στην οποία επικρατούσε φτώχεια και αναρχία και τα σύνορά της ήταν ακόμη αντικείμενο διεθνούς καθορισμού, ο Καποδίστριας βρέθηκε μέσα σ' ένα πλήθος προβλημάτων. Για τον Καποδίστρια προείχε η συγκρότηση στοιχειώδους κρατικής οργάνωσης, η αποκατάσταση κλίματος ασφάλειας στη χώρα και η εξεύρεση οικονομικών πόρων. Το ζήτημα των προσφύγων δεν αντιμετωπίστηκε ως αυτοτελές, αλλά εντάχθηκε στο πλαίσιο ενός ευρύτερου σχεδιασμού.

Έπρεπε κατ' αρχήν να υπάρξει πρόνοια για άμεση περίθαλψη του μεγάλου αριθμού των απόρων και των θυμάτων του πολέμου συνολικά, εγχωρίων και προσφύγων, που αντιμετώπιζαν άμεσο πρόβλημα επιβίωσης. Με την άφιξή του στην Αίγινα ο Καποδίστριας έδωσε εντολές να καταρτιστούν κατάλογοι προσφύγων και να καλυφθούν προσωρινά οι επείγουσες ανάγκες τους. Με την ίδρυση του Ορφανοτροφείου της Αίγινας εξασφαλίστηκε τροφή σε 2.000 πρόσφυγες που είχαν συγκεντρωθεί στο νησί. Σημαντικό βήμα για την αποκατάσταση των φτωχών προσφύγων και παράλληλα την αποσυμφόρηση των πόλεων ήταν η προσπάθεια της ίδρυσης γεωργικών συνοικισμών. Πρόθεση του Κυβερνήτη ήταν να αποκατασταθούν οι άπορες μάζες και ταυτόχρονα να ενισχυθεί η παραγωγική τάξη των μικροκαλλιεργητών. Αυτό σήμαινε την αποκατάσταση ακτημόνων και κατά συνέπεια αφορούσε το επίμαχο ζήτημα της αξιοποίησης των «εθνικών κτημάτων», του μόνου ουσιαστικά κεφαλαίου που διέθετε η κυβέρνηση και που εποφθαλμιούσαν πολλοί.

Ο πρώτος γεωργικός συνοικισμός ιδρύθηκε στα περίχωρα της πόλης του Ναυπλίου, που είχε συγκεντρώσει πλεονάζοντα προσφυγικό πληθυσμό, και πήρε την επωνυμία «Πρόνοια», για να δηλωθεί η πολιτική μέριμνας του Κυβερνήτη. Το σχέδιο, που εφαρμόστηκε με επιτυχία, προέβλεπε και προσωρινή παραχώρηση δημόσιας γης στους πρόσφυγες, για καλλιέργεια. Κατά το πρότυπο της «Πρόνοιας» επιχειρήθηκε η ίδρυση και άλλων γεωργικών συνοικισμών με τα ίδια κίνητρα (Απάθεια Πόρου και Άνω Εξαμίλι Κορίνθου), χωρίς όμως επιτυχία.

Η πολιτική των προσφυγικών αποκαταστάσεων συνδέθηκε και με το στόχο του Καποδίστρια για αντιμετώπιση της αναρχίας και εμπέδωση αισθήματος ασφάλειας στη χώρα. Η εγκατάσταση θα αποθάρρυνε τα ταραχοποιό στοιχεία από τον πειρασμό της παρανομίας, η οποία ήταν σε έξαρση σε στεριά και θάλασσα. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελούν οι πρόσφυγες από την περιοχή του Ολύμπου, οι οποίοι τελικά εγκαταστάθηκαν ειρηνικά στην Ελευσίνα. Ακόμη και η διοργάνωση στρατού αντανακλούσε σ' ένα βαθμό την πολιτική αυτή, αφού έδινε τη δυνατότητα να ενταχθούν σ' αυτόν οι οπλοφόροι Σουλιώτες και Μακεδόνες πρόσφυγες και να πάψουν να επιδίδονται στη ληστεία.

Η Δ' Εθνική Συνέλευση, που συνήλθε στο Άργος το 1829, αποφάσισε την απογραφή των ιδιωτικών και «εθνικών γαιών» (κτηματολόγιο) και καθόρισε τους όρους διανομής 200.000 στρεμμάτων εθνικής γης με προσωρινούς τίτλους. Αργότερα ο Κυβερνήτης καθόρισε τις προϋποθέσεις για ίδρυση πόλεων ή προαστίων. Το αίτημα της διανομής εθνικής γης σε ακτήμονες είχε απασχολήσει νομοθετικά τις κυβερνήσεις της Επανάστασης. Μόνο όμως με τον Καποδίστρια έγιναν σοβαρές προσπάθειες για την ικανοποίηση αυτού του αιτήματος που αφορούσε μεγάλο μέρος του πληθυσμού και που είχε αντιμετωπιστεί θετικά από τις προηγούμενες Εθνικές Συνελεύσεις. Οι αντιδράσεις, βέβαια, δεν έλειψαν. Είναι χαρακτηριστικό ότι στο σχέδιο του νόμου για την εκλογή πληρεξουσίων στη Συνέλευση, το οποίο υποβλήθηκε από το «Πανελλήνιον» στον Κυβερνήτη, δεν αναγνωριζόταν το δικαίωμα ψήφου στους «ετερόχθονες» και τους ακτήμονες. Ο Καποδίστριας απέρριψε τη σχετική διάταξη και αναγνώρισε το δικαίωμα ψήφου στις κατηγορίες αυτές.

Στην Δ' Εθνική Συνέλευση δόθηκε η ευκαιρία στις διάφορες προσφυγικές ομάδες να θέσουν το ζήτημα της αποκατάστασής τους, ιδίως σε εκείνες που η ιδιαίτερη πατρίδα τους δεν συμπεριλήφθηκε στα όρια του ελληνικού κράτους. Τα αιτήματα αφορούσαν το ζήτημα της μόνιμης εγκατάστασης και το νέο σοβαρό θέμα των πολεμικών αποζημιώσεων. Άλλοι, συνεχίζοντας ακόμη να προσβλέπουν στην παλιννόστησή τους, ζητούσαν διπλωματική δράση για την ενσωμάτωση των περιοχών τους στο νέο ελληνικό κράτος. Από την πλευρά της η Εθνοσυνέλευση εισηγήθηκε στην κυβέρνηση την ικανοποίηση των διαφόρων αιτημάτων που εκφράστηκαν στις αναφορές των προσφύγων. Αλλά η τελευταία παρέμεινε δέσμια των μεγάλων αναγκών και οικονομικών προβλημάτων που αντιμετώπιζε η χώρα.

Για τους Χίους πρόσφυγες προείχε το ζήτημα των αποζημιώσεων, και συγκεκριμένα της ρύθμισης των χρεών που άφησε η αποτυχημένη εκστρατεία ανακατάληψης της Χίου (1827-1828). Επίσημα οι Χίοι πρόσφυγες δεν έθεσαν θέμα μετεγκατάστασης σε άλλο τόπο στην ελεύθερη Ελλάδα. Ζήτησαν, αντίθετα, να υπάρξει διεθνής πρωτοβουλία της κυβέρνησης, ώστε να συμπεριληφθεί η Χίος στο νέο ελληνικό κράτος, αίτημα που δεν βρήκε ανταπόκριση.

Η πολιτική του Καποδίστρια προκαλούσε αυξανόμενη αντίδραση. Τα ανακουφιστικά μέτρα του Κυβερνήτη για τους απόρους, τους ακτήμονες και τους μικροκαλλιεργητές της γης δεν αντιμετώπιζαν ριζικά το προσφυγικό ζήτημα. Κατ' αρχήν τα υπέσκαπτε η γενική δυσπραγία και η οικονομική αδυναμία του κράτους. Επιπλέον οι πρόκριτοι ερέθιζαν τους κατά τόπους αυτόχθονες με την ιδέα ότι η εθνική γη θα δινόταν σε ξένους, υπονομεύοντας έτσι την πολιτική του Κυβερνήτη για τα «εθνικά κτήματα». Άλλωστε, οι πρόσφυγες δεν ένιωσαν αλλαγή στην αντιμετώπιση των καθημερινών πιεστικών αναγκών τους. Αρκετοί γύριζαν ξανά στις πατρίδες τους. Άλλοι ζητούσαν την απελευθέρωση και ένωση των υπόδουλων επαρχιών τους, την ώρα που ο Κυβερνήτης έδειχνε σεβασμό στις διεθνείς συνθήκες. Ήταν λοιπόν φυσικό οι πρόσφυγες να ταχθούν με το μέρος της αντιπολίτευσης.

Επιπλέον ο Καποδίστριας ενδιαφερόταν να προωθήσει μια κοινωνική και οικονομική πολιτική συνολικά, παραβλέποντας τα επί μέρους πιεστικά αιτήματα των προσφυγικών ομάδων. Το κυριότερο όμως είναι ότι η κυβέρνηση δεν προώθησε τα προσφυγικά αιτήματα που διατυπώθηκαν στην Δ' Εθνοσυνέλευση, παρά τις προτροπές της Επιτροπής επί των Αναφορών. Ούτε δίστασε ο Κυβερνήτης να έρθει σε ρήξη με ομάδες προσφύγων. Ένα τέτοιο παράδειγμα ήταν η αντίθεσή του στο αίτημα των Σουλιωτών για προσφυγικό συνοικισμό, επειδή υπήρχε ο φόβος αναταραχών από τη συγκέντρωση μεγάλου αριθμού ενόπλων σ' ένα μέρος. Έτσι, στην προσπάθειά του να εξασφαλίσει πόρους για το κράτος και να διασφαλίσει τη συνοχή του, δεν βρήκε σύμμαχους τους πρόσφυγες.

Στην Ε' Εθνική Συνέλευση του Ναυπλίου που συνήλθε το 1832, μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, οι διάφορες προσφυγικές ομάδες έσπευσαν να θέσουν ξανά τα αιτήματά τους. Μέσα στη γενική αναρχία, για όλους τώρα προείχε το θέμα του τόπου εγκατάστασης. Ειδικότερα οι Σουλιώτες, οι Ψαριανοί και οι Θεσσαλοί ζήτησαν συγκεκριμένες περιοχές. Τόπο ζήτησαν και οι Χίοι, καθώς οι εξελίξεις τούς είχαν κάνει να ξεχάσουν τα παλιά τους διλήμματα. Σουλιώτες, Κρήτες, Μακεδόνες συνέχισαν να πιέζουν και να κινούνται απειλητικά. Η δολοφονία του Καποδίστρια δεν τους είχε λύσει κανένα πρόβλημα, είχε δημιουργήσει όμως πολλά για το νεοσύστατο κράτος.