Βιοχημεία - Βιβλίο Μαθητή
Κεφάλαιο 3: Πρωτεΐνες Κεφάλαιο 5: Νουκλεϊνικά οξέα Επιστροφή στην αρχική σελίδα του μαθήματος
Εικόνα
Κεφάλαιο 4
Ένζυμα
4.1. Η έννοια της κατάλυσης και η φύση των ενζύμων

Όπως γνωρίζουμε, για να γίνει μία χημική αντίδραση, είναι απαραίτητο τα αντιδρώντα να διεγερθούν, να περάσουν δηλαδή από μία ενδιάμεση κατάσταση, η οποία έχει υψηλότερη ενέργεια και από τα αντιδρώντα και από τα προϊόντα. Η διαφορά μεταξύ της ενέργειας των αντιδρώντων και της ενέργειας της ενδιάμεσης κατάστασης ονομάζεται ενέργεια ενεργοποίησης (Εα).

Η ενέργεια ενεργοποίησης μπορεί να θεωρηθεί ως ένα φράγμα της αντίδρασης, το οποίο καθορίζει την ταχύτητά της. Όσο υψηλότερη είναι η ενέργεια που απαιτείται, για να περάσουν τα αντιδρώντα στην ενδιάμεση κατάσταση, τόσο πιο αργά προχωρεί η αντίδραση.

Σε πολλές χημικές αντιδράσεις η ενέργεια η οποία

Σχήμα 4.1. Ενεργειακή σχέση αντιδρώντων, ενδιάμεσης κατάστασης και προϊόντων. Εα είναι η ενέργεια ενεργοποίησης.
Σχήμα 4.1. Ενεργειακή σχέση αντιδρώντων, ενδιάμεσης κατάστασης και προϊόντων. Εα είναι η ενέργεια ενεργοποίησης.

απαιτείται προκειμένου να φτάσουν τα αντιδρώντα στην ενδιάμεση κατάσταση και να προχωρήσει η αντίδραση, μπορεί να δοθεί υπό μορφή θερμότητας. Ένας άλλος τρόπος επιτάχυνσης των χημικών αντιδράσεων είναι η κατάλυση. Οι καταλύτες είναι ουσίες που μεταβάλλουν την ταχύτητα της αντίδρασης χωρίς να επηρεάζουν τη θέση της τελικής ισορροπίας. Με τη βοήθεια του καταλύτη μειώνεται η ενέργεια ενεργοποίησης και η αντίδραση προχωρεί με πολύ μεγαλύτερη ταχύτητα.

Μέσα στο κύτταρο γίνονται συνεχώς πολυάριθμες χημικές αντιδράσεις. Όλες αυτές οι αντιδράσεις πρέπει να ολοκληρωθούν σε πολύ περιορισμένο συνήθως χρονικό διάστημα και χωρίς η θερμοκρασία του κυττάρου να ξεπεράσει τους 37°C. Πολύτιμη βοήθεια στη

  διεξαγωγή των αντιδράσεων αυτών δίνουν οι βιολογικοί καταλύτες, τα ένζυμα.

Τα ένζυμα είναι πρωτεϊνικής φύσεως μόρια, που μπορεί να είναι ενωμένα και με άλλες μη πρωτεϊνικές ουσίες. Επιταχύνουν τις αντιδράσεις μέσα στο κύτταρο, ελαττώνοντας την ενέργεια ενεργοποίησης των αντιδρώντων, χωρίς να χρειαστεί αύξηση της θερμοκρασίας. Μετά το τέλος της αντίδρασης δεν έχουν υποστεί χημική μεταβολή, αντίθετα παραμένουν αναλλοίωτα και είναι σε θέση να καταλύσουν την ίδια αντίδραση πολλές φορές. Γι αυτό το λόγο τα ένζυμα απαντώνται μέσα στο κύτταρο σε πολύ μικρές ποσότητες. Τα ένζυμα παρουσιάζουν εξειδίκευση ως προς τις αντιδράσεις τις οποίες καταλύουν και διακρίνονται σε ένζυμα με χαμηλή, μέτρια και υψηλή εξειδίκευση. Ένζυμα με μέτρια εξειδίκευση είναι αυτά που καταλύουν περιορισμένο αριθμό αντιδράσεων. Τα ένζυμα με υψηλή εξειδίκευση καταλύουν μόνο μία αντίδραση.

Πολλά ένζυμα, για να δράσουν, χρειάζονται και ένα πρόσθετο, μη πρωτεϊνικό τμήμα. Το μη πρωτεϊνικό τμήμα μπορεί να είναι ένα μεταλλικό ιόν ή ένα μικρό οργανικό μόριο. Στη δεύτερη περίπτωση το τμήμα αυτό του ενζύμου ονομάζεται συνένζυμο. Η ενζυμική πρωτεΐνη χωρίς το συνένζυμο ονομάζεται αποένζυμο, ενώ το αποένζυμο μαζί με το συνένζυμο συνιστούν το ολοένζυμο.

4.2. Τρόπος δράσης των ενζύμων

Σε μία αντίδραση που καταλύεται από ένζυμο, το αντιδρών ονομάζεται υπόστρωμα (Substrate, S). Για να μετατραπεί ένα υπόστρωμα σε προϊόν (Product, Ρ), πρέπει να περάσει στην ενδιάμεση κατάσταση, η οποία λόγω υψηλότερης ενέργειας είναι η λιγότερο πιθανή διαμόρφωση που μπορεί να πάρει. Το κατάλληλο ένζυμο επιταχύνει την αντίδραση, ελαττώνοντας την ενέργεια ενεργοποίησης η οποία απαιτείται, για να φτάσει το υπόστρωμα στην ενδιάμεση κατάσταση. Το σχήμα 4.2. παρουσιάζει την πορεία μίας αντίδρασης απουσία ενζύμου (Α) και παρουσία ενζύμου (Β).

Το βασικό βήμα στην ενζυμική κατάλυση είναι η σύνδεση ενζύμου-υποστρώματος. Η πρόσδεση του υποστρώματος στο ένζυμο και η κατάλυση της αντίδρασης δε γίνονται σε οποιοδήποτε τμήμα του ενζυμικού μορίου, αλλά σε μία κατάλληλα διαμορφωμένη περιοχή η οποία ονομάζεται ενεργό κέντρο. Το υπόστρωμα μπορεί να προσδεθεί στο ενεργό κέντρο με ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις, δεσμούς υδρογόνου και δυνάμεις

Van der Waals. To ενεργό κέντρο αποτελεί ένα μικρό τμήμα της ενζυμικής πρωτεΐνης. Σχηματίζεται από ομάδες αμινοξέων που προέρχονται από διαφορετικές περιοχές της γραμμικής αλληλουχίας της πρωτεΐνης.

Σχήμα 4.2. Το ένζυμο επιταχύνει την αντίδραση ελαττώνοντας την ενέργεια ενεργοποίησης. Η πορεία της αντίδρασης απουσία (Α) και παρουσία ενζύμου (Β). Σχήμα 4.2. Το ένζυμο επιταχύνει την αντίδραση ελαττώνοντας την ενέργεια ενεργοποίησης. Η πορεία της αντίδρασης απουσία (Α) και παρουσία ενζύμου (Β).

Αμινοξικά κατάλοιπα, τα οποία μπορεί να βρίσκονται σε μεγάλη απόσταση μεταξύ τους στην πρωτοταγή δομή, κατά την αναδίπλωση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας πλησιάζουν το ένα το άλλο στο χώρο και αλληλεπιδρούν σχηματίζοντας το ενεργό κέντρο. Για παράδειγμα, στη λυσοζύμη, η οποία είναι ένα από τα πιο καλά μελετημένα ένζυμα και αποτελείται από 129 αμινοξέα, τα κατάλοιπα που συμμετέχουν στη διαμόρφωση του ενεργού κέντρου είναι τα 35, 52, 62, 63 και 101 (σχήμα 4.3).

Το ενεργό κέντρο μπορούμε να το φανταστούμε σαν μία εσοχή στην οποία προσδένεται το υπόστρωμα, του οποίου το σχήμα ταιριάζει με το σχήμα της εσοχής. Σε αυτό το αλληλοσυμπλήρωμα οφείλεται και η εξειδίκευση του ενζύμου ως προς το υπόστρωμα.

Υπάρχουν δύο μοντέλα που εξηγούν την εξειδίκευση της πρόσδεσης του υποστρώματος στο ένζυμο:

α. Το μοντέλο κλειδιού - κλειδαριάς που προτάθηκε

  Σχήμα 4.3. Λυσοζύμη: Η αλληλουχία των αμινοξέων στο ενζυμικό μόριο. Με κόκκινο χρώμα σημειώνονται τα κατάλοιπα που συμμετέχουν στη διαμόρφωση του ενεργού κέντρου.
Σχήμα 4.3. Λυσοζύμη: Η αλληλουχία των αμινοξέων στο ενζυμικό μόριο. Με κόκκινο χρώμα σημειώνονται τα κατάλοιπα που συμμετέχουν στη διαμόρφωση του ενεργού κέντρου.

από τον Εμίλ Φίσερ (Emil Fischer) το 1899. Σύμφωνα με το μοντέλο αυτό, το ενεργό κέντρο του ενζύμου έχει συμπληρωματικό σχήμα ως προς το σχήμα του υποστρώματος (σχήμα 4.4. Α)

β. Το μοντέλο της επαγομένης προσαρμογής που προτάθηκε από τον Ντ. Ε. Κόσλαντ (D.E. Koshland) το 1958, σύμφωνα με το οποίο το ενεργό κέντρο του ενζύμου αποκτά συμπληρωματικό σχήμα ως προς το υπόστρωμα μετά την πρόσδεση του υποστρώματος (σχήμα 4.4. Β).

4.3. Παράγοντες που επηρεάζουν την ταχύτητα των ενζυμικών αντιδράσεων

Οι παράγοντες που επηρεάζουν την ταχύτητα των ενζυμικών αντιδράσεων είναι:

  • το pH,
  • η θερμοκρασία,
  • η συγκέντρωση του ενζύμου,
  • η συγκέντρωση του υποστρώματος.

Τα περισσότερα ένζυμα λειτουργούν άριστα σε ένα

Σχήμα 4.4. (Α) Μοντέλο κλειδιού-κλειδαριάς. Το υπόστρωμα και το ενεργό κέντρο του ενζύμου έχουν συμπληρωματικό σχήμα. (Β) Μοντέλο επαγόμενης προσαρμογής. Το ενεργό κέντρο αποκτά συμπληρωματικό σχήμα με το υπόστρωμα μετά την πρόσδεση του υποστρώματος
Σχήμα 4.4. (Α) Μοντέλο κλειδιού-κλειδαριάς. Το υπόστρωμα και το ενεργό κέντρο του ενζύμου έχουν συμπληρωματικό σχήμα. (Β) Μοντέλο επαγόμενης προσαρμογής. Το ενεργό κέντρο αποκτά συμπληρωματικό σχήμα με το υπόστρωμα μετά την πρόσδεση του υποστρώματος

συγκεκριμένο pH. Όταν η τιμή του pH είναι μεγαλύτερη ή μικρότερη από την άριστη, η ταχύτητα της αντίδρασης ελαττώνεται. Αυτό συμβαίνει επειδή οι αλλαγές στο pH μπορεί να επηρεάσουν τον ιοντισμό των ομάδων του ενζύμου, οι οποίες ευθύνονται για τη δέσμευση του υποστρώματος και την κατάλυση της αντίδρασης, όπως επίσης ενδεχομένως μπορεί να επηρεάσουν τον ιοντισμό των ομάδων του υποστρώματος. Επιπλέον ας μην ξεχνάμε ότι οι ακραίες τιμές pH προκαλούν αποδιάταξη των πρωτεϊνικών μορίων, με αποτέλεσμα αυτά να χάνουν τον βιολογικό τους ρόλο. Τα ένζυμα εφόσον είναι πρωτεΐνες υπακούουν σ' αυτό τον κανόνα.

Η αύξηση της θερμοκρασίας αυξάνει την ταχύτητα των περισσότερων αντιδράσεων. Στην περίπτωση όμως που η θερμοκρασία υπερβεί ένα επιτρεπτό όριο προκαλείται αποδιάταξη της ενζυμικής πρωτεΐνης με αποτέλεσμα αυτή να χάνει το βιολογικό της ρόλο.

Η ταχύτητα της αντίδρασης, τις περισσότερες φορές, είναι ανάλογη της συγκέντρωσης του ενζύμου.

Τη σημασία της συγκέντρωσης του υποστρώματος στην ταχύτητα της αντίδρασης θα την εξετάσουμε στην επόμενη παράγραφο.

 
4.4. Κινητική ενζυμικών αντιδράσεων

Η ενζυμική κινητική ασχολείται με τη σχέση ανάμεσα στην ταχύτητα της αντίδρασης και στη συγκέντρωση του υποστρώματος, έχει δε εξελιχθεί σε ιδιαίτερο κλάδο της Βιοχημείας. Εδώ θα αναφέρουμε ορισμένες βασικές αρχές της ενζυμικής κινητικής.

Η βάση της ενζυμικής κινητικής είναι η μέτρηση της ενζυμικής ενεργότητας. Για να μετρηθεί η ενεργότητα ενός ενζύμου πρέπει να μετρηθεί η ταχύτητα (velocity, ν) της αντίδρασης που καταλύει. Αυτό επιτυγχάνεται, είτε μετρώντας την ελάττωση της συγκέντρωσης του υποστρώματος είτε το σχηματισμό του προϊόντος σε σχέση με τον χρόνο. Ως ταχύτητα της αντίδρασης ορίζουμε τη μεταβολή της συγκέντρωσης του υποστρώματος στη μονάδα του χρόνου Εικόνα

Η συνηθέστερη μονάδα μέτρησης της ενζυμικής ενεργότητας είναι το unit, το οποίο αντιστοιχεί στη μετατροπή 1 μmol υποστρώματος σε 1 λεπτό.

Ας υποθέσουμε ότι κάνουμε μία σειρά πειραματικών προσδιορισμών και κρατούμε σταθερή τη συγκέντρωση του ενζύμου, το pH, τη θερμοκρασία και το χρόνο αντίδρασης. Μεταβάλλουμε μόνο τη συγκέντρωση του υποστρώματος και μετρούμε την ταχύτητα της αντίδρασης. Καταγράφοντας τα αποτελέσματά μας σε ένα σύστημα αξόνων (όπου στον άξονα των Χ δηλώνεται η συγκέντρωση του υποστρώματος και στον άξονα των Υ η ταχύτητα της αντίδρασης), θα διαπιστώσουμε ότι παίρνουμε μία καμπύλη της μορφής που απεικονίζεται στο σχήμα 4.5.

Σχήμα 4.5. Διάγραμμα της ταχύτητας ν μίας ενζυμικής αντίδρασης σε συνάρτηση με τη συγκέντρωση του υποστρώματος [S]. Vmax είναι η μέγιστη ταχύτητα και Km η σταθερά Michaelis.
Σχήμα 4.5. Διάγραμμα της ταχύτητας ν μίας ενζυμικής αντίδρασης σε συνάρτηση με τη συγκέντρωση του υποστρώματος [S]. Vmax είναι η μέγιστη ταχύτητα και Km η σταθερά Michaelis.

Η καμπύλη αυτή μας δίνει ορισμένες πληροφορίες. Βλέπουμε ότι η ταχύτητα της αντίδρασης τείνει να πλησιάσει μία μέγιστη ταχύτητα (Vmax). Στις χαμηλές συγκεντρώσεις υποστρώματος η ταχύτητα εξαρτάται από τη συγκέντρωση του υποστρώματος, ενώ στις υψηλές συγκεντρώσεις υποστρώματος όσο και ν' αυξήσουμε τη συγκέντρωση η ταχύτητα δεν παρουσιάζει ουσιαστική μεταβολή. Αυτό οφείλεται στο ότι, από μία συγκέντρωση υποστρώματος και πάνω, τα μόρια του υποστρώματος καταλαμβάνουν τα ενεργά κέντρα όλων των διαθέσιμων μορίων του ενζύμου, οπότε προκαλείται κορεσμός του ενζύμου.

Με βάση αυτές τις παρατηρήσεις, δύο κορυφαίοι ενζυμολόγοι, οι Μικαέλις (Michaelis) και Μέντεν (Menten) (1913) πρότειναν ότι, για να δράσει το ένζυμο (Ε) πρέπει να δημιουργήσει με το υπόστρωμα (S) ένα σύμπλοκο (ES), το οποίο μπορεί να διασπαστεί σε ένζυμο (Ε) και προϊόν (Ρ).

E + S → ES → E + P

Μελετώντας τη φύση της καμπύλης κατέληξαν να εκφράσουν μαθηματικά την πορεία της ενζυμικής αντίδρασης με την παρακάτω σχέση, που είναι γνωστή ως εξίσωση Michaelis - Menten.

Εικόνα

όπου ν η ταχύτητα της αντίδρασης, Vmax η μέγιστη ταχύτητα, [S] η συγκέντρωση του υποστρώματος και Km μία σταθερά, γνωστή ως σταθερά Michaelis.

Εάν θεωρήσουμε ότι σε κάποια στιγμή η ταχύτητα της αντίδρασης είναι ίση με το μισό της μέγιστης ταχύτητας, δηλαδή ν = Vmax/2, τότε η εξίσωση Michaelis- Menten γίνεται:

Εικόνα

οπότε η Km ισούται με τη συγκέντρωση του υποστρώματος, όταν η ταχύτητα της ενζυμικής αντίδρασης είναι η μισή της μέγιστης.

Σύμφωνα με τη σχέση Michaelis - Menten οι δύο σταθερές που χαρακτηρίζουν μία ενζυμική αντίδραση είναι η Km και η Vmax. Η Km μας πληροφορεί για το βαθμό συγγένειας ενζύμουυποστρώματος. Οσο μικρότερη είναι η τιμή της Km, τόσο μεγαλύτερη η συγγένεια ενζύμου - υποστρώματος. Η Vmax μας πληροφορεί για το πόσα μόρια υποστρώματος μετατρέπονται κάθε λεπτό από ένα μόριο ενζύμου.

 
4.5. Αναστολείς ενζύμων

Η ενεργότητά ενός ενζύμου μπορεί να μειωθεί με τη δράση ορισμένων ουσιών που καλούνται αναστολείς. Η δράση ενός αναστολέα μπορεί να είναι είτε μόνιμη είτε αντιστρεπτή. Στην περίπτωση που η δράση του αναστολέα είναι μόνιμη, τότε, ακόμα και αν αφαιρεθεί ο αναστολέας, το ένζυμο δεν είναι σε θέση να επανακτήσει την ενεργότητά του. Στην περίπτωση που ο αναστολέας δρα αντιστρεπτά, τότε, εάν αφαιρεθεί, το ένζυμο επανακτά την ενεργότητά του. Υπάρχουν διάφοροι τύποι αντιστρεπτής αναστολής, δύο όμως είναι οι πιο σημαντικοί: η συναγωνιστική και η μη-συναγωνιστική αναστολή.

Ο συναγωνιστικός αναστολέας προσδένεται στο ενεργό κέντρο του ενζύμου και εμποδίζει την πρόσδεση του υποστρώματος. Η δομή του συναγωνιστικού αναστολέα συνήθως μοιάζει με τη δομή του υποστρώματος. Η έκταση της συναγωνιστικής αναστολής εξαρτάται από:

  • τη συγκέντρωση του υποστρώματος,
  • τη συγκέντρωση του αναστολέα,
  • τη συγγένεια του ενζύμου ως προς το υπόστρωμα και ως προς τον αναστολέα.

Κατά τη συναγωνιστική αναστολή ο αναστολέας, επειδή μοιάζει με το υπόστρωμα, το συναγωνίζεται για την κατάληψη θέσεων του ενεργού κέντρου με αποτέλεσμα να αυξάνεται η Km του ενζύμου ως προς το υπόστρωμα (μειώνεται η συγγένειά τους εξαιτίας της παρέμβασης του αναστολέα). Η Vmax παραμένει αμετάβλητη (σχήμα 4.6).

Σχήμα 4.6. Διάγραμμα συναγωνιστικής αναστολής. Η πράσινη καμπύλη αντιστοιχεί σε αντίδραση απουσία αναστολέα, ενώ η κόκκινη παρουσία συναγωνιστικού αναστολέα.
Σχήμα 4.6. Διάγραμμα συναγωνιστικής αναστολής. Η πράσινη καμπύλη αντιστοιχεί σε αντίδραση απουσία αναστολέα, ενώ η κόκκινη παρουσία συναγωνιστικού αναστολέα.

Ο μη-συναγωνιστικός αναστολέας προσδένεται σε περιοχή του ενζύμου διαφορετική από το ενεργό κέντρο. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα να τροποποιείται η τρισδιάστατη δομή του ενζύμου και να μην μπορεί να

δεσμεύσει το υπόστρωμα αποτελεσματικά. Δεν είναι αναγκαίο ο μη-συναγωνιστικός αναστολέας να έχει παρόμοιο σχήμα με αυτό του υποστρώματος. Η έκταση της μη-συναγωνιστικής αναστολής εξαρτάται από:
  • τη συγκέντρωση του αναστολέα,
  • τη συγγένεια του ενζύμου ως προς τον αναστολέα.

Κατά τη μη-συναγωνιστική αναστολή η Km του ενζύμου ως προς το υπόστρωμα μένει η ίδια (δε μεταβάλλεται η συγγένεια ενζύμου - υποστρώματος), ενώ αλλάζει η Vmax (σχήμα 4.7)

Σχήμα 4.7. Διάγραμμα μη-συναγωνιστικής αναστολής. Η πράσινη καμπύλη αντιστοιχεί σε αντίδραση απουσία αναστολέα, ενώ η κόκκινη παρουσία μη-συναγωνιστικού αναστολέα.
Σχήμα 4.7. Διάγραμμα μη-συναγωνιστικής αναστολής. Η πράσινη καμπύλη αντιστοιχεί σε αντίδραση απουσία αναστολέα, ενώ η κόκκινη παρουσία μη-συναγωνιστικού αναστολέα.

Μέσα στο κύτταρο παράγονται διαρκώς εκατοντάδες ενώσεις. Σε πολλές περιπτώσεις η σύνθεση μίας ουσίας απαιτεί μία σειρά ενζυμικών αντιδράσεων. Το κύτταρο πρέπει να είναι σε θέση να ελέγχει την παραγωγή των συστατικών και να επεμβαίνει στη σύνθεσή τους ανάλογα με τις ανάγκες του.

Ένα εργαλείο ελέγχου της σύνθεση χημικών ουσιών στο κύτταρο είναι και η ενζυμική αναστολή. Ας θεωρήσουμε την ακόλουθη αλυσίδα αντιδράσεων:

Εικόνα

Εάν η συγκέντρωση του προϊόντος Δ υπερβεί μία τιμή, το Δ μπορεί να δράσει ως αναστολέας του ενζύμου Ε, με αποτέλεσμα το Α να μη μετατρέπεται σε Β και τελικά να μην παράγεται το Δ.

Το φαινόμενο κατά το οποίο το προϊόν μίας αντίδρασης αναστέλλει τη σύνθεσή του, καλείται ρύθμιση με ανάδραση.

  Σχήμα 4.8. Διάκριση μεταξύ ενός συναγωνιστικού και ενός μη-συναγωνιστικού αναστολέα. Επάνω: σύμπλοκο ενζύμου-υποστρώματος. Μέσον: ο συναγωνιστικός αναστολέας εξαιτίας της ομοιότητάς του με το υπόστρωμα καταλαμβάνει το ενεργό κέντρο και εμποδίζει την πρόσδεση του υποστρώματος. Κάτω: ο μη-συναγωνιστικός αναστολέας προσδένεται σε διαφορετική θέση από αυτή του ενεργού κέντρου. Δεν εμποδίζει την πρόσδεση του υποστρώματος, αλλά προκαλεί αλλαγή στην δομή του ενεργού κέντρου μ’ αποτέλεσμα να μην δεσμεύεται το υπόστρωμα αποτελεσματικά.
Σχήμα 4.8. Διάκριση μεταξύ ενός συναγωνιστικού και ενός μη-συναγωνιστικού αναστολέα. Επάνω: σύμπλοκο ενζύμου-υποστρώματος. Μέσον: ο συναγωνιστικός αναστολέας εξαιτίας της ομοιότητάς του με το υπόστρωμα καταλαμβάνει το ενεργό κέντρο και εμποδίζει την πρόσδεση του υποστρώματος. Κάτω: ο μη-συναγωνιστικός αναστολέας προσδένεται σε διαφορετική θέση από αυτή του ενεργού κέντρου. Δεν εμποδίζει την πρόσδεση του υποστρώματος, αλλά προκαλεί αλλαγή στην δομή του ενεργού κέντρου μ’ αποτέλεσμα να μην δεσμεύεται το υπόστρωμα αποτελεσματικά.
4.6. Αλλοστερικές επιδράσεις

Ορισμένες ενώσεις δρουν ως ρυθμιστές ενός ενζύμου και μπορεί να αναστέλλουν ή να ενεργοποιούν το συγκεκριμένο ένζυμο. Οι ενώσεις αυτές ονομάζονται αλλοστερικοί τροποποιητές και δεσμεύονται στο αλλοστερικό κέντρο του ενζύμου, το οποίο μπορεί να είναι όχι μόνο μακριά από το ενεργό κέντρο αλλά και σε άλλη υπομονάδα.

Η δημιουργία του συμπλέγματος ενζύμου - αλλοστερικού τροποποιητή δεν ενεργοποιεί κάποια χημική αντίδραση, αλλά προκαλεί μία ελαφρά τροποποίηση στη δομή του ενζύμου. Αυτή η τροποποίηση ονομάζεται αλλοστερική μετάπτωση και μεταβάλλει τη χωροδιάταξη του ενεργού κέντρου, με αποτέλεσμα να μεταβάλλεται η βιολογική δράση του ενζύμου. Ο αλλοστερικός τροποποιητής δε δεσμεύεται στο ίδιο κέντρο με το υπόστρωμα ούτε συμμετέχει σε χημική αντίδραση, οπότε δεν είναι απαραίτητο η δομή του να μοιάζει με τη δομή του υποστρώματος.

4.7. Ισοένζυμα

Υπάρχουν ένζυμα που καταλύουν την ίδια αντίδραση, αλλά μπορεί να διαφέρουν τόσο στην πρωτοταγή τους δομή, όσο και σε ορισμένες φυσικές και χημικές τους ιδιότητες. Αυτά τα ένζυμα ονομάζονται ισοένζυμα και είναι προϊόντα διαφορετικών γονιδίων. Παράδειγμα πολύ καλά μελετημένων ισοενζύμων είναι οι πέντε τύποι της γαλακτικής αφυδρογονάσης.

4.8. Συνένζυμα και προσθετικές ομάδες

Όπως αναφέραμε στην αρχή του κεφαλαίου, πολλά ένζυμα, για να δράσουν, χρειάζονται ένα μικρό οργανικό μόριο, το συνένζυμο. Πολλές φορές ως συνώνυμη έννοια για το συνένζυμο χρησιμοποιείται ο όρος προσθετική ομάδα, παρ όλο που υπάρχει διαφορά μεταξύ των δύο αυτών εννοιών.

Οι προσθετικές ομάδες είναι οργανικές ενώσεις πολύ ισχυρά δεμένες πάνω στα ένζυμα, οι οποίες δεν μπορούν να απομακρυνθούν. Παράδειγμα προσθετικής ομάδας είναι το μόριο της αίμης, που απαντάται στο κυτόχρωμα (πρωτεΐνη μεταφοράς ηλεκτρονίων) και την καταλάση (καταλύει τη διάσπαση του υπεροξειδίου του υδρογόνου).

 

Τα συνένζυμα είναι οργανικές ενώσεις χαλαρά δεμένες στα ένζυμα, οι οποίες απομακρύνονται εύκολα. Αντίθετα με ό,τι συμβαίνει στα ένζυμα, τόσο τα συνένζυμα όσο και οι προσθετικές ομάδες, συμμετέχοντας στην κατάλυση υφίστανται χημική μεταβολή. Επανέρχονται στην αρχική τους κατάσταση με μία δεύτερη αντίδραση.

Σχεδόν όλα τα συνένζυμα περιέχουν στο μόριό τους φωσφορικό οξύ. Επίσης πολλά συνένζυμα έχουν σχέση με βιταμίνες.

Μερικά από τα πιο σημαντικά συνένζυμα, τα οποία θα μελετήσουμε εκτενέστερα στο κεφάλαιο του μεταβολισμού, είναι τα συνένζυμα των οξειδοαναγωγικών αντιδράσεων NAD+ NADP+ και FAD. Πολύτιμο συνένζυμο είναι και η τριφωσφορική αδενοσίνη (ΑΤΡ), το γνωστό μας ενεργειακό νόμισμα του κυττάρου.

Τα ένζυμα που μεταφέρουν υδρογόνο (κατά τη διάσπαση της γλυκόζης, κατά τη ζύμωση και κατά την πραγματοποίηση πολλών άλλων αντιδράσεων) χρησιμοποιούν ως συνένζυμα οργανικές ενώσεις που παράγονται από βιταμίνες του συμπλέγματος Β. Αυτά τα συνένζυμα δρουν ως φορείς υδρογόνου και ηλεκτρονίων και τα κυριότερα από αυτά είναι το νικοτιναμιδο-αδενινο-δινουκλεοτίδιο (NAD+), το φωσφορικό νικοτιναμιδο-αδενινο-δινουκλεοτίδιο (NADP+) και το φλαβινο- αδενινο-δινουκλεοτίδιο (FAD).

Το ΑΤΡ αποτελείται από το σάκχαρο ριβόζη, τη βάση αδενίνη και τρεις φωσφορικές ομάδες. Συμμετέχει σε πολλές αντιδράσεις ως δότης διάφορων ομάδων του μορίου του. Ο πιο σημαντικός ρόλος του ΑΤΡ είναι η φωσφορυλίωση διάφορων υποστρωμάτων. Η φωσφορυλίωση (δηλαδή η προσθήκη φωσφορικών ομάδων σε ένα υπόστρωμα) είναι μία αντίδραση που καταλύεται από μία ομάδα ενζύμων, τα οποία ονομάζονται φωσφοκινάσες.

4.9. Βιταμίνες

Οι βιταμίνες είναι μία ομάδα οργανικών ενώσεων οι οποίες είναι απαραίτητες στον οργανισμό σε πολύ μικρές ποσότητες.

Ο οργανισμός προμηθεύεται τις βιταμίνες από τις τροφές. Τα ποσά των βιταμινών που χρειάζεται ο οργανισμός είναι πολύ μικρότερα από τα ποσά των πρωτεϊνών, των λιπιδίων και των υδατανθράκων, όμως και η ποσότητα των βιταμινών στις τροφές είναι πολύ μικρότερη από τις ποσότητες των άλλων συστατικών. Μία ισορροπημένη διατροφή παρέχει στον οργανισμό όλες τις βιταμίνες που χρειάζεται.

Καθώς ανακαλύπτονταν οι βιταμίνες, έπαιρναν την ονομασία τους από τα γράμματα του λατινικού αλφαβήτου. Σε ορισμένες περιπτώσεις βρέθηκε ότι μία βιταμίνη ήταν στην πραγματικότητα μείγμα δύο συστατικών

Βιταμίνη
στοιχείο
Πηγή Ρόλος Απαιτούμενη
ποσότητα
(σε mg/ημέρα)
Α (ρετινόλη,
β-καροτένιο)
Ψάρι, βούτυρο, καρότα Όραση, υγεία δέρματος 0.75
Β, (θειαμίνη) Δημητριακά, ζύμη Μυϊκή λειτουργία, νευρικό σύστημα.
Η έλλειψη προκαλεί beri-beri
1.4
Β2 σύμπλεγμα:
Ριβοφλαβίνη
Ζύμη, γάλα Ιδια με Β,
Η έλλειψη προκαλεί φλεγμονές του δέρματος
1.7
Β2 σύμπλεγμα:
νικοτινικό οξύ
Κρέας, ζύμη, ψωμί ολικής αλέσεως Ιδια με Β,
Η έλλειψη προκαλεί πελάγρα
18
Β12 Ζύμη, ζωικές πρωτεΐνες Σχηματισμός ερυθροκυττάρων 0.001
C (ασκορβικό οξύ) Φρούτα, λαχανικά Ερυθροκύτταρα, οστά, αντίσταση
στις μολύνσεις. Η έλλειψη προκαλεί σκορβούτο
30
D (καλσιφερόλη) Κρόκος αβγού, βούτυρο. Ομοιόσταση ασβεστίου.
Η έλλειψη προκαλεί ραχίτιδα
0.0025
Κ Πράσινα φύλλα Δημητριακά Πήξη αίματος 1
Ε (τοκοφερόλη) ξηροί καρποί, πράσινες σαλάτες Αναπαραγωγή 33

D2και βιταμίνη D3. Καθώς η έρευνα γύρω από τις βιταμίνες προχωρούσε και αναλύονταν οι χημικές τους δομές, πολλές από αυτές έγιναν γνωστές με τα χημικά τους ονόματα.

Η βιταμίνη C, καθώς και οι οκτώ βιταμίνες του συμπλέγματος Β, είναι υδατοδιαλυτές. Οι βιταμίνες A, D, Ε και Κ είναι λιποδιαλυτές. Ο παραπάνω πίνακας περιλαμβάνει έναν κατάλογο με ορισμένες απαραίτητες βιταμίνες και τις ποσότητες που πρέπει να λαμβάνονται καθημερινά.

 

 

 Γνωρίζεις ότι... 
Ταξινόμηση και ονοματολογία των ενζύμων

Τα ένζυμα που είναι γνωστά εδώ και πολλά χρόνια έχουν εμπειρικά ονόματα, τα οποία χρησιμοποιούνται ακόμα (θρυψίνη, χυμοθρυψίνη, πεψίνη κ.ά.). Μεταγενέστερα καθιερώθηκαν πιό συστηματικά ονόματα, με τη χρήση της κατάληξης -άση. Η ονομασία ενός ενζύμου αποτελείται από το όνομα της αντίδρασης που καταλύει και την κατά- ληξη-άση. Για παράδειγμα ένα ένζυμο που κάνει αφυδρογόνωση ονομάζεται αφυδρογονάση, ενώ ένα ένζυμο που μεταφέρει ομάδες ονομάζεται τρανσφεράση. Βέβαια υπάρχουν πολλές αφυδρογονάσες, πολλές τρανσφεράσες κ.α. Προκειμένου να προσδιορίσουμε το ένζυμο πληρέστερα, αναφέρουμε και το όνομα του υποστρώματος το οποίο μετατρέπει, π.χ. γαλακτική αφυδρογονάση.

Η Διεθνής Ενωση Βιοχημείας κατέταξε τα ένζυμα σε 6 μεγάλες κατηγορίες:
Οξειδοαναγωγάσες. Είναι ένζυμα που καταλύουν την οξείδωση ή την αναγωγή του υποστρώματος
Τρανσφεράσες
. Είναι ένζυμα που καταλύουν τη μεταφορά ομάδων από μία ένωση σε μία άλλη.
Υδρολάσες. Είναι ένζυμα που διασπούν υδρολυτικά μία σειρά από δεσμούς.
Λυάσες
. Είναι ένζυμα που καταλύουν αντιδράσεις στις οποίες απομακρύνονται νερό , αμμωνία ή διοξείδιο του άνθρακα.
Ισομεράσες
. Είναι ένζυμα που καταλύουν αντιδράσεις ισομερίωσης του υποστρώματος π.χ. μετατροπή αλδόζης σε κετόζη, μετατροπή cis-μορφής σε trans κ.ά.
Λιγάσες
. Είναι ένζυμα που καταλύουν τη σύνθεση ουσιών από απλούστερα μόρια.

Οι εφαρμογές των ενζύμων

Η ανάπτυξη της Βιοχημείας και της Βιοτεχνολογίας φέρνει στο φώς ολοένα και περισσότερες εφαρμογές των ενζύμων στην καθημερινή ζωή. Διαρκώς μελετώνται και ανακαλύπτονται νέες χρήσεις των ενζύμων οι οποίες βρίσκουν εφαρμογή στη βιομηχανία και στο εμπόριο. 0 παρακάτω πίνακας αναφέρει συνοπτικά μερικές από τις χρήσεις αυτές.

 

Εφαρμογή
στοιχείο
Ένζυμα Χρήσεις
Απορρυπαντικά Παραγόμενες από βακτήρια πρωτεάσες Απομάκρυνση λεκέδων
Βιομηχανία άρτου Πρωτεάσες Παρασκευή μπισκότων
Βιομηχανία γάλακτος Λιπάσες Ωρίμανση ορισμένων ειδών τυριού
Ζυθοποιία Ένζυμα από κριθάρι Παραγωγή μπίρας
Βιομηχανία χαρτιού Αμυλάση Παραγωγή χαρτιού περιτυλίγματος
Ζαχαροπλαστική Ιμβερτάση Παραγωγή σιροπιού σοκολάτας
Οπτικά είδη Καταλάση Διαλύματα καθαρισμού φακών επαφής
Περίληψη
Τα ένζυμα είναι καταλύτες πρωτεϊνικής φύσεως, που επιταχύνουν τις αντιδράσεις μέσα στον οργανισμό, ελαττώνοντας την ενέργεια ενεργοποίησης. Το υπόστρωμα δεσμεύεται σε ειδική θέση του ενζυμικού μορίου, που ονομάζεται ενεργό κέντρο. Η ταχύτητα μίας ενζυμικής αντίδρασης επηρεάζεται από διάφορους παράγοντες, όπως το pH, τη θερμοκρασία, τη συγκέντρωση του ενζύμου και τη συγκέντρωση του υποστρώματος. Οι δύο σταθερές που χαρακτηρίζουν μία ενζυμική αντίδραση είναι η Km και η Vmax. Υπάρχουν ενώσεις που αναστέλλουν την ενζυμική ενεργότητά και ονομάζονται αναστολείς. Οι κυριότεροι τύποι αναστολέων είναι οι συναγωνιστικοί και οι μη-συναγωνιστικοί αναστολείς. Ορισμένες ενώσεις δρουν ως ρυθμιστές ενός ενζύμου, τροποποιώντας τη δομή του, και ονομάζονται αλλοστερικοί τροποποιητές. Μερικά ένζυμα, για να δράσουν, χρειάζονται ένα πρόσθετο μη-πρωτεϊνικό τμήμα που μπορεί να είναι ένα ανόργανο ιόν ή ένα μικρό οργανικό μόριο. Το οργανικό μόριο μπορεί να είναι μία προσθετική ομάδα ή ένα συνένζυμο. Πολλά συνένζυμα σχετίζονται με βιταμίνες.
Ερωτήσεις - ασκήσεις - προβλήματα
  1. Εξηγήστε τους παρακάτω όρους: καταλύτης, αποένζυμο, υπόστρωμα, ενεργό κέντρο, αλλοστερικό κέντρο.
  2. Συγκρίνετε τη θεωρία κλειδιού - κλειδαριάς με τη θεωρία της επαγόμενης προσαρμογής.
  3. Εξηγήστε γιατί ένα ένζυμο χάνει τη ενεργότητά του, όταν βρεθεί σε ακραίες τιμές pH.
  4. Συμπληρώστε τα κενά στις παρακάτω φράσεις:

    α: Η .................. του υποστρώματος στο ένζυμο γίνεται σε κατάλληλη περιοχή που ονομάζεται……………………
    β: Η μονάδα μέτρησης της ενζυμικής ................... είναι το ....................................
    γ: Οσο μεγαλύτερη είναι η τιμή της σταθεράς Km, τόσο ................................... είναι η συγγένεια μεταξύ .......................... και .........................
    δ: Ο αλλοστερικός ......................... προκαλεί τροποποίηση στη ........................... του ενζύμου.
  5. Ποιες από τις παρακάτω προτάσεις είναι σωστές;

    α. Σε μία ενζυμική αντίδραση τόσο το ένζυμο όσο και το συνένζυμο δεν υφίστανται χημική μεταβολή.
    β.Κατά τη μη-συναγωνιστική αναστολή η Km δε μεταβάλλεται.
    γ. Ο συναγωνιστικός αναστολέας δεσμεύεται σε διαφορετική θέση από το υπόστρωμα.
    δ. Η ταχύτητα της ενζυμικής αντίδρασης επηρεάζεται από το pH και τη θερμοκρασία.
  1. Ποια είναι η βιολογική σημασία του φαινομένου της ρύθμισης με ανάδραση;
  2. Πώς δρα ένας αλλοστερικός τροποποιητής;
  3. Τι είναι τα ισοένζυμα;
  4. Ποιοι παράγοντες επηρεάζουν την ταχύτητα μίας ενζυμικής αντίδρασης; Εξηγήστε σύντομα το ρόλο του καθενός.
  5. Η ταχύτητα μίας ενζυμικής αντίδρασης αυξάνεται, όσο αυξάνεται η συγκέντρωση του υποστρώματος, έως ότου φτάσει σ ένα μέγιστο σημείο (Vmax), πέρα από το οποίο δεν παρατηρείται μεταβολή. Σε ποιον από τους παρακάτω λόγους οφείλεται;
    α. Όλο το υπόστρωμα έχει καταναλωθεί
    β. Όλα τα μόρια του ενζύμου έχουν καταληφθεί από μόρια υποστρώματος
    γ. Έχει επέλθει φθορά των ενζυμικών μορίων
  6. Σε τι διαφέρουν τα συνένζυμα από τις προσθετικές ομάδες;
  7. Ποιοι κίνδυνοι μπορεί να προκληθούν, κατά τη γνώμη σας, από α: μία αποκλειστικά χορτοφαγική διατροφή, β: από διατροφή χωρίς φρέσκα λαχανικά και φρούτα
Τιμή pH Ποσότητα προϊόντος (σε μg)
1 3
2 5
3 20
4 50
5 55
6 35
7 10
8 2
  1. Σε ένα πείραμα εξετάζουμε τη μετατροπή ενός υποστρώματος σε προϊόν σε διάφορες τιμές pH. Η συγκέντρωση του υποστρώματος, του ενζύμου καθώς και η θερμοκρασία διατηρούνται σταθερά. O χρόνος διεξαγωγής του πειράματος είναι 10 λεπτά. Στο τέλος του πειράματος λαμβάνουμε τα δεδομένα του πίνακα:

    α. Να γίνει η γραφική παράσταση των αποτελεσμάτων. Στον οριζόντιο άξονα τοποθετήστε τις τιμές pH και στον κάθετο τα units (εκφράστε τα units ως pg προϊόντος ανά λεπτό).
    β: Σε ποιο pH λειτουργεί καλύτερα το ένζυμο;
    γ: Γιατί διατηρήσαμε τις υπόλοιπες παραμέτρους σταθερές;
Ας ερευνήσουμε
  1. Αρκετοί από εσάς ή τους φίλους σας φοράτε φακούς επαφής και χρησιμοποιείτε διαλύματα καθαρισμού με σκοπό την εξουδετέρωση των μικροοργανισμών ή την απομάκρυνση των πρωτεϊνικών κατάλοιπων από τους φακούς. Διαβάζοντας τα συνοδευτικά έντυπα των διαλυμάτων αυτών βρείτε τα δραστικά συστατικά τους και προσδιορίστε τον τρόπο με τον οποίο λειτουργούν. Συγκρίνετε τα συμπεράσματά σας με αυτά των φίλων σας που χρησιμοποιούν παρόμοια προϊόντα άλλων εταιρειών.
  2. Ένα από τα χειρότερα είδη δηλητηριάσεων θεωρείται η δηλητηρίαση με μεθανόλη. Η μεθανόλη μετατρέπεται από το ένζυμο αλκοολική αφυδρογονάση σε φορμαλδεύδη, η οποία είναι τοξική. Σε περιπτώσεις δηλητηρίασης από μεθανόλη, χορηγείται στον ασθενή μεγάλη ποσότητα αιθυλικής αλκοόλης. Μπορείτε να εξηγήσετε γιατί αυτή η θεραπεία είναι τόσο αποτελεσματική;
  3. O γρήγορος ρυθμός ζωής, η αλλαγή στις διατροφικές συνήθειες και η μανία για λεπτή σιλουέτα έχουν εξορίσει από το διαιτολόγιο μας πολλές τροφές πλούσιες σε βιταμίνες. Μαζί με τους φίλους σας φτιάξτε έναν κατάλογο με τροφές που περιέχουν πολύτιμες βιταμίνες και απουσιάζουν από το διαιτολόγιο των περισσότερων από εμάς.