Η μεγάλη Εθνική Επανάσταση του 1821 εξαπλώθηκε γρήγορα και στην Κρήτη, παρά το γεγονός ότι οι τοπικές συνθήκες ήταν εξαιρετικά δυσμενείς για την οργάνωση επαναστατικού κινήματος. Η μεγάλη απόσταση από το γεωγραφικό κορμό της Ελλάδας και η παρεμβαλλόμενη θάλασσα καθιστούσαν δύσκολη την επικοινωνία με τα άλλα ελληνικά κέντρα, την αποστολή εφοδίων και όπλων και το συντονισμό των πολεμικών ενεργειών. Αλλά και μέσα στο νησί οι συνθήκες ζωής παρουσίαζαν ιδιαιτερότητες, που δεν υπήρχαν στην άλλη Ελλάδα. Το σημαντικότερο πρόβλημα ήταν η μεγάλη αναλογία του μουσουλμανικού πληθυσμού, που παρέμενε σταθερά στο 30% του συνόλου. Το μουσουλμανικό αυτό πληθυσμό αποτελούσαν Τούρκοι και Τουρκοκρητικοί, δηλαδή Κρήτες που είχαν ασπασθεί τον ισλαμισμό από τα πρώτα χρόνια της τουρκικής κατάκτησης του νησιού. Αυτοί ήταν περισσότερο φανατικοί και από τους ίδιους τους Τούρκους και άσπονδοι διώκτες και καταπιεστές των χριστιανών. Δύο ισχυρά γενιτσαρικά τάγματα, των αυτοκρατορικών γενιτσάρων και των ντόπιων γενιτσάρων, που είχαν οργανωθεί στην Κρήτη ήδη από τους πρώτους χρόνους της τουρκικής κατοχής, είχαν επιβάλει ένα καθεστώς ασφυκτικής καταπίεσης στο νησί. Δεν υπάκουαν ούτε στις σουλτανικές διαταγές. Είναι γνωστό ότι από όλες τις ελληνικές περιοχές, μόνο η Μακεδονία γνώρισε ανάλογης αγριότητας γενίτσαρους.

Η παιδεία, μέσω της οποίας κυρίως προπαρασκευάστηκε ιδεολογικά η επανάσταση στην άλλη Ελλάδα, ήταν στην Κρήτη σχεδόν ανύπαρκτη. Το νησί, που άλλοτε βρισκόταν στην πρωτοπορία της πνευματικής αναγέννησης του έθνους, ζούσε επί δύο σχεδόν αιώνες σε απομόνωση και σε βαθύ πνευματικό σκοτάδι. Ελάχιστοι Κρήτες είχαν μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία και ήταν προετοιμασμένοι για τον επικείμενο αγώνα της ελευθερίας. Το σύνολο σχεδόν του κρητικού πληθυσμού ήταν εντελώς απροετοίμαστο ψυχολογικά για μεγάλης κλίμακας απελευθερωτική επανάσταση.

Η συμμετοχή της Κρήτης στην πανεθνική εξέγερση αποφασίστηκε στο ιστορικό μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής στα Σφακιά, στις 15 Απριλίου 1821, αλλά ως επίσημη ημέρα έναρξης του κρητικού αγώνα θεωρείται η 14η Ιουνίου 1821. Την ίδια ημέρα σημειώθηκε και η πρώτη μεγάλη νίκη των επαναστατών στο Λούλο Χανίων.

Η τουρκική διοίκηση της Κρήτης απάντησε αμέσως με γενική κινητοποίηση των στρατιωτικών της δυνάμεων και με βιαιοπραγίες πρωτοφανούς αγριότητας. Αποκορύφωμα υπήρξε η μεγάλη σφαγή του Ηρακλείου (24 Ιουνίου 1821), που έμεινε για πολλά χρόνια στη μνήμη του λαού ως «ο μεγάλος αρπεντές»*. Παρ' όλα αυτά, η επανάσταση επεκτάθηκε γρήγορα σε ολόκληρη την Κρήτη και στερεώθηκε.

Από την αρχή του αγώνα κατέστη φανερή η ανάγκη πολιτικής οργάνωσης και συντονισμού των πολεμικών και πολιτικών ενεργειών προς τις γενικές αρχές του Αγώνα στην άλλη Ελλάδα, ιδιαίτερα μετά τις αποφάσεις της Α' Εθνοσυνέλευσης στην Επίδαυρο. Η απουσία γενικού αρχηγού στην Κρήτη και οι φιλοδοξίες των τοπικών αρχηγών και οπλαρχηγών έβλαπταν τα πολεμικά πράγματα και ο συντονισμός του αγώνα ήταν αδύνατος. Ζητήθηκε λοιπόν από τον Δημήτριο Υψηλάντη, που εκπροσωπούσε την υπέρτατη επαναστατική αρχή στην Ελλάδα, να διορίσει στην Κρήτη ένα Γενικό Αρχηγό «εις τον οποίον να υποταχθούν οι μεταξύ των ερίζοντες και ουδένα υπέρτερον του άλλου αναγνωρίζοντες Κρήτες οπλαρχηγοί». Ο Υψηλάντης διόρισε ως Γενικό Διοικητή Κρήτης τον Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλη (ή Αφεντούλιεφ), ο οποίος αποδέχθηκε πρόθυμα το διορισμό και κατέβηκε στην Κρήτη (Νοέμβριος 1821) με τον ηχηρό και ενοχλητικό για πολλούς οπλαρχηγούς τίτλο τού «Γενικού Επάρχου και Αντιστρατήγου της Κρήτης».

Ο Αφεντούλης παρέμεινε στην Κρήτη έναν ακριβώς χρόνο, ως το Νοέμβριο του 1822. Κατόρθωσε να ανασυντάξει τις επαναστατικές δυνάμεις και να κρατήσει την επανάσταση ζωντανή σε όλο το νησί. Το πιο σημαντικό είναι ότι φρόντισε να συγκροτηθεί Γενική Συνέλευση των Κρητών στους Αρμένους Αποκορώνου (11-22 Μαΐου 1822) και να ψηφιστεί το «Προσωρινόν Πολίτευμα της Κρήτης», καθώς και «Σχέδιον Προσωρινής Διοικήσεως της νήσου Κρήτης», με πρότυπο τις αποφάσεις της Εθνοσυνέλευσης της Επιδαύρου. Ο αγώνας στην Κρήτη φάνηκε να εξελίσσεται παράλληλα με τον αγώνα της άλλης Ελλάδας.

Στην πράξη τα πράγματα αποδείχθηκαν πολύ δυσκολότερα. Ο σουλτάνος βρέθηκε σε αδυναμία να καταστείλει την κρητική επανάσταση και ζήτησε τη βοήθεια του αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μωχάμετ Αλυ, ο οποίος αποδέχθηκε πρόθυμα την πρόσκληση. Η απόβαση αιγυπτιακού στρατού στην Κρήτη (τέλη Μαΐου 1822) και οι πρώτες αποτυχίες των Κρητών στο πολεμικό πεδίο κλόνισαν τη θέση του Αφεντούλη. Η αντίθεσή του με τους τοπικούς αρχηγούς και οι συνεχείς αμφισβητήσεις των ενεργειών του οδήγησαν σε μεγάλη κρίση την επανάσταση. Ο Αφεντούλης θεωρήθηκε υπεύθυνος για πολλές πολεμικές αποτυχίες, καθαιρέθηκε από τα μέλη ενός νεοσύστατου «Κρητικού Συμβουλίου» και φυλακίστηκε το Νοέμβριο του 1822. Οι «Παραστάται και Πληρεξούσιοι της Πατρίδος», όπως ονομάζονταν οι Κρήτες αντιπρόσωποι στις Εθνοσυνελεύσεις της Πελοποννήσου, ζήτησαν το διορισμό νέου Διοικητή. Ο Ιωάννης Κωλέττης υπέδειξε ως Αρμοστή Κρήτης τον Υδραίο Εμμανουήλ Τομπάζη, ο οποίος έφτασε στο νησί το Μάιο του 1823.

Η άφιξη του Τομπάζη στην Κρήτη συνδέθηκε με ορισμένες πολεμικές επιτυχίες και το ηθικό των επαναστατών αναπτερώθηκε. Ένα μήνα μετά την άφιξή του, ο Τομπάζης συγκάλεσε Γενική Συνέλευση των Κρητών στην οποία ψηφίστηκε ο «Οργανισμός της ενιαυσίου τοπικής διοικήσεως της νήσου Κρήτης», με τις βασικές αρχές του Συντάγματος της Επιδαύρου. Ο κρητικός αγώνας εισήλθε έτσι σε νέα φάση.

Παράλληλα όμως ανασυντάχθηκαν και οι τουρκοαιγυπτιακές δυνάμεις. Στις αρχές Ιουνίου 1823 έφτασε στην Κρήτη ως νέος διοικητής του αιγυπτιακού στρατού ο Χουσεΐν βέης, με νέες στρατιωτικές δυνάμεις και άφθονο πολεμικό υλικό. Η ταχύτατη κίνηση του τουρκοαιγυπτιακού στρατού προς τα ανατολικά, η καταστροφή των χωριών, η πολιορκία και η θυσία 370 χριστιανών στο σπήλαιο του Μελιδονίου (Ιανουάριος 1824) δημιούργησαν βαρύ κλίμα απαισιοδοξίας. Ο Τομπάζης απηύθυνε έκκληση για βοήθεια προς τον Πρόεδρο του Εκτελεστικού Γεώργιο Κουντουριώτη (2 Μαρτίου 1824).¹ Εντούτοις, βοήθεια δεν έφθασε και η επανάσταση φάνηκε να κάμπτεται παντού, ιδιαίτερα μετά την εισβολή του Χουσεΐν στα Σφακιά και την καταστροφή της επαρχίας στα τέλη Μαρτίου. Στις 12 Απριλίου ο Τομπάζης εγκατέλειψε την Κρήτη, ζητώντας από τους Κρητικούς να συνεχίσουν με κάθε θυσία τον αγώνα.

Ενώ φαινόταν ότι η επανάσταση στην Κρήτη είχε κατασταλεί και περιοριζόταν απλώς σε σποραδικές επιθέσεις ανταρτών σε χωριά και φρούρια των Τούρκων, Κρήτες επαναστάτες, οι οποίοι κατά καιρούς είχαν καταφύγει στην άλλη Ελλάδα, επέστρεψαν στο νησί το καλοκαίρι του 1825, με την απόφαση να αναζωπυρώσουν την επανάσταση. Με επικεφαλής τον Δημήτριο Καλλέργη και τον Εμμανουήλ Αντωνιάδη κατέλαβαν το φρούριο της Γραμπούσας (9 Αυγούστου 1825) στο ομώνυμο ακρωτήριο της Δυτικής Κρήτης, και την ίδια ημέρα άλλοι επαναστάτες κατέλαβαν το φρούριο της Κισάμου. Προσπάθεια των Τούρκων να ανακτήσουν αυτά τα φρούρια απέτυχε και έτσι άρχισε στην Κρήτη μια νέα επαναστατική περίοδος, η λεγόμενη περίοδος της Γραμπούσας (1825-1828). Οι επαναστάτες που οχυρώθηκαν εκεί, επιδόθηκαν κυρίως στην πειρατεία για να εξασφαλίζουν τρόφιμα και εφόδια, έκτισαν οικισμό και την εκκλησία της Παναγίας της Κλεφτρίνας* και ίδρυσαν σχολείο. Οργανώθηκε επίσης προσωρινή Διοικούσα Επιτροπή, που ονομάστηκε «Κρητικόν Συμβούλων» και αποτελούσε την επίσημη επαναστατική αρχή της Κρήτης, και αγοράστηκε η γολέττα «Περικλής» του Τομπάζη, για να μεταφέρει τρόφιμα και εφόδια στη φρουρά της Γραμπούσας.

Η συνθήκη του Λονδίνου (6 Ιουλίου 1827) είχε άμεση επίπτωση και στα κρητικά πράγματα. Ήδη είχε ευρέως κυκλοφορήσει η φήμη για επικείμενη λύση του ελληνικού ζητήματος με τη δημιουργία ανεξάρτητου ελληνικού κράτους και η αγγλική διπλωματία διαβεβαίωνε ότι θα περιληφθούν σ' αυτό όλες οι επαναστατημένες ελληνικές περιοχές. Ο Τομπάζης έγραφε στους Κρήτες να αναζωπυρώσουν πάση θυσία την επανάσταση σε ολόκληρη την Κρήτη. Από τις αρχές του φθινοπώρου 1827 σημειώθηκαν πυρετώδεις κινήσεις, σχηματίστηκαν επαναστατικά σώματα εθελοντών από την Πελοπόννησο και την άλλη Ελλάδα, για να στηρίξουν τον κρητικό αγώνα, και σκληρές μάχες διεξάγονταν σε ολόκληρη την Κρήτη.

Οι κινήσεις της ευρωπαϊκής διπλωματίας, οι οποίες σχετίζονται με την Επανάσταση στην Ελλάδα και την οργάνωση ανεξάρτητου ελληνικού κράτους, ήταν φυσικό να επηρεάσουν και την επανάσταση στην Κρήτη. Ο Ιωάννης Καποδίστριας έφτασε στην Ελλάδα στις αρχές του 1828 και επιδόθηκε αμέσως στην οργάνωση κράτους. Προσπαθώντας να καταστήσει ασφαλές το θαλάσσιο εμπόριο, σύμφωνα και με σχετική αξίωση των Δυνάμεων και ιδίως της Αγγλίας, αποφάσισε να πατάξει τη ληστεία και την πειρατεία στις ελληνικές θάλασσες. Στη Γραμπούσα έστειλε τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, με τη συνοδεία αγγλικού και γαλλικού στόλου. Τα πλοία των επαναστατών καταστράφηκαν και το φρούριο της Γραμπούσας παραδόθηκε στους Άγγλους, οι οποίοι ανέλαβαν και το έργο της επιτήρησης των θαλασσών για την ασφάλεια της ναυσιπλοΐας. Οι επαναστάτες της Γραμπούσας διαλύθηκαν και κατέφυγαν στα βουνά.

Παρά τις αποτυχίες αυτές και τις δυσμενείς συνθήκες που διαμορφώθηκαν, οι Κρήτες εξακολούθησαν να κρατούν ζωντανή την επανάσταση σε ολόκληρη την Κρήτη. Απροσδόκητη εξέλιξη, που δημιούργησε κλίμα έντονης ανησυχίας στο νησί, ήταν η απόφαση του Καποδίστρια να αποστείλει στην Κρήτη ως αντιπρόσωπο του τον βαρώνο Ρέινεκ, με συστάσεις για κατάπαυση των εχθροπραξιών. Οι Κρήτες αρνήθηκαν να υπακούσουν στις συστάσεις του Κυβερνήτη. Το καλοκαίρι του 1828 ολόκληρη σχεδόν η Κρήτη βρισκόταν υπό τον έλεγχο των επαναστατών. Οι Τούρκοι είχαν περιοριστεί στα μεγάλα φρούρια, όπου προστατεύονταν από τον τακτικό τουρκικό στρατό.

Τα γεγονότα αυτά είχαν απήχηση στους λαούς της Ευρώπης, όπου παρατηρήθηκαν κάποιες εκδηλώσεις συμπάθειας υπέρ του αγωνιζόμενου κρητικού λαού. Αγγλικός και γαλλικός στόλος απέκλεισε τα κρητικά παράλια, για να εμποδίσει αποβάσεις τουρκοαιγυπτιακών δυνάμεων στο νησί, ενώ και ο Καποδίστριας, μεταβάλλοντας την πολιτική του απέναντι στους Κρήτες, έστειλε στο νησί τον Τομπάζη (Νοέμβριος 1828), με την εντολή να καταλάβει τη Σητεία, τη μόνη περιοχή της Κρήτης που παρέμενε ακόμη εξολοκλήρου στην απόλυτη κατοχή των Τούρκων. Μια μεγάλη επιχείρηση που οργανώθηκε για την απελευθέρωσή της απέτυχε και η Σητεία υπέστη σκληρά αντίποινα από τους Τούρκους (Δεκέμβριος 1828).

Από διπλωματική άποψη το Κρητικό Ζήτημα βρισκόταν την εποχή αυτή σε κατάσταση ρευστότητας, καθώς δεν υπήρχε απόφαση οριστική στα πλαίσια του όλου ελληνικού προβλήματος, και οι πληροφορίες που έφταναν στον Καποδίστρια δεν ήταν σαφείς. Αυτό ερμηνεύει και την ασταθή πολιτική του σχετικά με το Κρητικό ζήτημα. Πιεζόμενος από την Αγγλία ανακάλεσε τον αντιπρόσωπο του Ρέινεκ από την Κρήτη και στη θέση του τοποθέτησε τον Άγγλο Χαν, ο οποίος παρέμεινε στη Γραμπούσα ως τον Οκτώβριο του 1829, οπότε αντικαταστάθηκε και αυτός από τον επιφανή Κρητικό Νικόλαο Ρενιέρη. Οι προοπτικές φαίνονταν τώρα περισσότερο από ποτέ ευοίωνες, καθώς ολόκληρη σχεδόν η Κρήτη βρισκόταν υπό τον πλήρη έλεγχο των επαναστατών, εκτός από τα τρία μεγάλα φρούρια (Χανιά, Ρέθυμνο, Ηράκλειο), στα οποία είχαν καταφύγει οι Τούρκοι.

Πλοία των Μεγάλων Δυνάμεων απέκλεισαν τα κρητικά παράλια, για να επιβάλουν την ειρήνη στο νησί, ενώ το «Κρητικόν Συμβούλιον» δεν σταμάτησε τις εκκλήσεις και τα διαβήματα προς τους ηγεμόνες της Ευρώπης, διεκτραγωδώντας και την εσωτερική κατάσταση της Κρήτης. Απόπειρα των Κρητών να ανακαταλάβουν το φρούριο της Γραμπούσας και να αναζωπυρώσουν την επανάσταση απέτυχε. Στις 23 Νοεμβρίου συνεδρίασε για τελευταία φορά το «Κρητικόν Συμβούλιον» στους Μαργαρίτες Μυλοποτάμου. Συνέταξε μια τελευταία διαμαρτυρία προς τον Κυβερνήτη της Ελλάδας και προς τους Ναυάρχους των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων, στην οποία κατήγγελλε τη γενική συνωμοσία εις βάρος της Κρήτης: «Όλοι συμφώνως, Τούρκοι, Χριστιανών Ηγεμόνων Υπουργοί και η Ελληνική Κυβέρνησις συνώμοσαν εναντίον των Χριστιανών της Κρήτης σήμερον, θέλοντες ίσως να τους δώσουν αντίλυτρον θύμα της ελευθερίας των λοιπών αδελφών των...». Συντάχθηκε επίσης ψήφισμα για την οργάνωση μόνιμης Επιτροπής, η οποία θα παρακολουθούσε στο εξής την εξέλιξη του Κρητικού ζητήματος και θα εξασφάλιζε τη συνοχή και τη συνεργασία των χιλιάδων Κρητών, που είχαν εγκατασταθεί ως πρόσφυγες στην ελεύθερη Ελλάδα.

Η στάση της αγγλικής διπλωματίας απέναντι στο Κρητικό ζήτημα συνδεόταν με τη γενικότερη πολιτική της για το Ανατολικό Ζήτημα. Η Αγγλία θεωρούσε τον έλεγχο της Κρήτης ως θέμα κεφαλαιώδους σημασίας για την υποστήριξη των συμφερόντων της στην Ανατολή. Η γεωγραφική θέση του νησιού στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων επικοινωνιών, την καθιστούσε «κλειδί του ελληνικού αρχιπελάγους» και μαζί με την Κύπρο ήταν «τα κλειδιά της Αιγύπτου». Το πρόβλημα του αγγλικού ελέγχου στην Κρήτη είχε γεννηθεί ήδη από την περίοδο των ναπολεόντειων πολέμων (1806), όταν η Αγγλία σχεδίαζε την άμεση κατάληψη του νησιού, στην περίπτωση που η Γαλλία και η Ρωσία επεξέτειναν τις ζώνες επιρροής τους στο Βορρά και στην Ανατολή. Είναι λοιπόν προφανές ότι το δόγμα της ακεραιότητας της Τουρκίας, που το υποστήριζε σταθερά η αγγλική διπλωματία, αποσκοπούσε, κοντά σε πολλά άλλα, και στην κατοχή της Κρήτης από δύναμη φιλική προς την Αγγλία, αφού έτσι θα εξασφαλιζόταν η ναυτική κυριαρχία της στη Μεσόγειο. Αυτός ήταν ο σοβαρότερος λόγος για τον οποίο η Αγγλία αρνήθηκε να περιληφθεί η Κρήτη στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος.