Μετά την ίδρυση της Κωνσταντινούπολης, ολόκληρος ο Πόντος χωρίστηκε σε τρεις γεωγραφικές περιφέρειες. Το δυτικό τμήμα που ονομάστηκε Ελενόποντος προς τιμή της μητέρας του Μ. Κωνσταντίνου περιελάμβανε τις πόλεις Αμάσεια, Ιβώρα, Ευχάιτα, Ανδράπα, Ζάλιχα, Σινώπη και Αμισό. Το ανατολικό τμήμα, στο οποίο υπάγονταν οι πόλεις Νεοκαισάρεια, Κόμανα, Πολεμώνιον, Κερασούντα και Τραπεζούντα ονομάστηκε Πολεμωνιακός Πόντος από το όνομα του διοικητή Πολέμωνα. Το τρίτο γεωγραφικό τμήμα, με πρωτεύουσα τη Νικόπολη και γνωστές πόλεις τη Σεβάστεια, τα Σάταλα και τη Σεβαστούπολη Αρμενιακού, που συμπεριλάμβανε μέρος του Πόντου και της Μικρής Αρμενίας, ονομάστηκε Κολώνεια.

Η γεωγραφική αυτή διαίρεση διατηρήθηκε έως τα χρόνια του Ιουστινιανού. Σ' αυτό το διάστημα ελάχιστη ήταν η ρωμαϊκή πολιτισμική επίδραση στον ελληνικό πληθυσμό. Ο ελληνισμός και ο χριστιανισμός ήταν οι παράγοντες που επηρέασαν το διοικητικό μηχανισμό και δημιούργησαν την ελληνοβυζαντινή αυτοκρατορία¹⁰. Κατά τη μακραίωνη περίοδο της Ρωμαιοκρατίας ανοικοδομήθηκαν τα ρωμαϊκά τείχη. Επίσης έγιναν λιμενικά έργα, νέα οικιστικά κτίρια και στρατόπεδα μέσα στην πόλη της Τραπεζούντας, για να φιλοξενηθεί η Πρώτη Ποντιακή Λεγεώνα. Οι Τραπεζούντιοι άρχισαν να συνειδητοποιούν τη σημασία της πόλης τους στον άξονα Ανατολή-Κωνσταντινούπολη και το μεσολαβητικό τους ρόλο για τις σχέσεις της πρωτεύουσας με τα ομόθρησκα, συμμαχικά και πελατειακά κρατίδια της γειτονικής Γεωργίας¹¹.

Ο χριστιανισμός διαδόθηκε στον Πόντο πολύ νωρίς από τους αποστόλους Ανδρέα και Πέτρο με πρώτο ιεραποστολικό σταθμό την Αμισό. Παρά τα σοβαρά προβλήματα που προκαλούσαν οι οπαδοί των άλλων θρησκειών και η ρωμαϊκή διοίκηση, ο χριστιανισμός κατόρθωσε να εδραιωθεί σε όλες τις επαρχίες του Πόντου. Στα χρόνια των αυτοκρατόρων Διοκλητιανού (284- 305), Γαλέριου (306-311) και Μαξιμίνου (305-311), ο Πόντος πέρασε μια κρίσιμη εικοσαετία θρησκευτικών διωγμών, με αποτέλεσμα τη φυγή πολλών χριστιανών προς τις δύσβατες βουνοκορφές στο εσωτερικό της χώρας. Ωστόσο, οι συστηματικοί διωγμοί όχι μόνο δεν κατόρθωσαν να ανακόψουν τη διάδοση του χριστιανισμού αλλά και την ενέτειναν περισσότερο.

Μεγάλοι πνευματικοί πατέρες των χριστιανών του Πόντου υπήρξαν οιμάρτυρες Ευγένιος από την Τραπεζούντα, Ουαλεριανός από την Εδίσκη, Κανίδιος από την Τσολόσαινα και Ακύλας από τη Γοδαίνη της Χαλδίας. Η συμβολή του Ευγένιου, ειδικότερα, στην τελική επικράτηση του χριστιανισμού υπήρξε τόσο καθοριστική, ώστε ο μάρτυρας αυτός τιμάται ως πολιούχος της Τραπεζούντας¹² αλλά και ως κορυφαία θρησκευτική και πνευματική μορφή από όλους τους Έλληνες του Πόντου.

Στα χρόνια του Μ. Κωνσταντίνου, η εκκλησία του Πόντου οργανώθηκε διοικητικά και ιδρύθηκε η «Επισκοπή Τραπεζούντας εν τη ποντική διοικήσει», η οποία αργότερα εξελίχθηκε σε μητρόπολη με δεκαπέντε επισκοπές. Η εδραίωση του χριστιανισμού συνέβαλε ουσιαστικά στην ίδρυση πολλών χριστιανικών ναών και μοναστηριών, με κύρια του Αγίου Ιωάννου Βαξελώνος, της Παναγίας Σουμελά, του Αγίου Γεωργίου Περιστερεώτα και άλλα, τα οποία συνέβαλαν καθοριστικά στη διάδοση και τη διάσωση του χριστιανισμού και του ελληνισμού¹³.

Μετά το Μέγα Θεοδόσιο, ένα μέρος του ανατολικού Πόντου πέρασε στην εξουσία της δυναστείας των Περσών. Η περιοχή της Τραπεζούντας και η επαρχία της Χαλδίας δεν γνώρισαν την περσική κυριαρχία. Με τη νίκη του Ιουστινιανού οι Πέρσες εκδιώχτηκαν από τη Λαζία και τις άλλες περιοχές του Πόντου, γεγονός που συνέβαλε στην ολοκλήρωση της διάδοσης του χριστιανισμού στον Πόντο, με τον εκχριστιανισμό της πολεμικής φυλής των Τζάνων.

Στα χρόνια του Λέοντα Γ' του Ισαύρου ο Πόντος ανάκτησε τη γεωπολιτική, στρατιωτική και οικονομική προνομιακή του θέση, επειδή τα βυζαντινά στρατεύματα, λόγω των συνεχών πολέμων με τους Πέρσες, τους Τουρκομάνους και τους Άραβες, είχαν ως κέντρο εφοδιασμού την Τραπεζούντα. Ο πληθυσμός της πόλης αυξήθηκε σημαντικά και η Τραπεζούντα το 10ο μ.Χ. αιώνα έγινε σπουδαίος εμπορικός σταθμός. Όπως αναφέρουν και δύο σύγχρονοι Άραβες γεωγράφοι, ο Μασσουδή και ο Ισταχρή, η Τραπεζούντα εξελίχτηκε σε οικονομικό, πολιτικό και στρατιωτικό κέντρο του Πόντου, με αποτέλεσμα την ισχυροποίηση του ελληνισμού¹⁴.

Οι βυζαντινοί αυτοκράτορες, για την ενίσχυση των ανατολικών τους συνόρων, είχαν παραχωρήσει ιδιαίτερα προνόμια στους θεματάρχες του Πόντου, ακολουθώντας μια συνετή κοινωνική και φορολογική πολιτική, η οποία είχε ως αποτέλεσμα την ανάπτυξη αισθημάτων αφοσίωσης των ακριτικών πληθυσμών προς το βυζαντινό κράτος, καθώς και προς την ιδιαίτερη πατρίδα τους. Πουθενά αλλού σε όλο το βυζαντινό χώρο δεν καλλιεργήθηκε τόσο πολύ ο κύκλος των ακριτικών τραγουδιών όσο στον Πόντο και την Καππαδοκία, γεγονός που επιβεβαιώνει την ουσιαστική προσφορά των ακριτών στη φύλαξη των βυζαντινών συνόρων, για το διάστημα που ίσχυε το προνομιακό καθεστώς. Η λαϊκή μούσα ξεχώρισε σε ανδρεία και αρετή το Διγενή Ακρίτα, του οποίου οι αγώνες συμβολίζουν τον αδιάκοπο αγώνα του ελληνισμού εναντίον όσων απείλησαν την ελευθερία του.

Τα προβλήματα για τη βυζαντινή αυτοκρατορία εμφανίστηκαν σταδιακά μετά τον 11ο αιώνα, καθώς η καταστροφή των αρμενικών κρατιδίων και η απέλαση των αρμενικών φύλων στην Καππαδοκία και την Κιλικία ευνόησαν τις εισβολές των Σελτζούκων. Η αποφασιστική πολεμική επιχείρηση απομάκρυνσης των Σελτζούκων από τον αυτοκράτορα Ρωμανό (1067-1071) κατέληξε στην καταστροφική ήττα της μάχης του Μαντζικέρτ (26 Αυγούστου 1071), που είχε ως αποτέλεσμα την ελεύθερη επέλαση των Σελτζούκων. Οι Σελτζούκοι, ανεμπόδιστοι πλέον, κατέκλυσαν τη Μ. Ασία και δημιούργησαν ξεχωριστά κράτη, το σουλτανάτο του Ρουμ με πρωτεύουσα το Ικόνιο και το εμιράτο των Ντανισμενίδων με πρωτεύουσα τη Νεοκαισάρεια. Αυτήν την περίοδο της κρίσης το Βυζάντιο αδιαφόρησε για τα ανατολικά του σύνορα και άλλαξε την κοινωνική και φορολογική πολιτική του προς τους ακρίτες και τους θεματάρχες του Πόντου. Συγκεκριμένα, καταργήθηκαν τα στρατιωτόπια (η παραχώρηση δηλαδή γεωργικών κλήρων στους στρατιώτες), η φορολογική απαλλαγή και τα άλλα ειδικά προνόμια, με αποτέλεσμα να γίνουν ανίσχυρα και ευάλωτα σε κάθε εχθρό τα ανατολικά σύνορα του Βυζαντίου. Οι ακρίτες δεν είχαν πλέον λόγους να πολεμούν και πολλοί από αυτούς έφυγαν για πιο εύπορες περιοχές ή άλλαξαν επάγγελμα. Τότε ανεξαρτητοποιήθηκαν πολλοί από τους θεματάρχες και δούκες του Πόντου. Άλλοι πάλι αναγκάστηκαν να πολεμήσουν μόνοι τους για να ελευθερώσουν τις περιοχές τους από τους Σελτζούκους και τους άλλους ανατολικούς εχθρούς, χωρίς την οικονομική και στρατιωτική βοήθεια του Βυζαντίου. Από τους αγώνες αυτούς γνωστοί είναι οι ήρωες και τα κατορθώματα των ανεξάρτητων Ποντίων θεματαρχών Θεοδώρου και Κωνσταντίνου Γαβρά και Γρηγορίου του Ταρωνίτη¹⁵.

Το κράτος των Μεγάλων Κομνηνών της Τραπεζούντας ιδρύθηκε από τον Αλέξιο, απόγονο της αυτοκρατορικής δυναστείας των Κομνηνών, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης (1204) από τους Φράγκους και το νέο διοικητικό κατακερματισμό του Βυζαντίου. Ο λαός του Πόντου αναγνώρισε τον Αλέξιο ως νόμιμο κληρονόμο της βυζαντινής αυτοκρατορίας, γιατί σεβάστηκε την καταγωγή, την ορθόδοξη πίστη του και, κυρίως, γιατί φοβήθηκε τις πολιτικές μεταβολές στην Κωνσταντινούπολη, τους Φράγκους κατακτητές και τους Σελτζούκους, που καθημερινά τους προκαλούσαν.

Η αυτοκρατορία της Τραπεζούντας χάρη στη διπλωματική ευελιξία και τις πολιτικές και στρατηγικές ικανότητες των ηγεμόνων της απέκτησε μεγάλη δύναμη και με τους συνεχείς απελευθερωτικούς και αμυντικούς αγώνες των Κομνηνών ανέκοψε την τουρκική επέκταση προς τη Δύση. Παράλληλα, σημαντική υπήρξε και η πολιτισμική ακτινοβολία της αυτοκρατορίας αυτής.

Η Τραπεζούντα, κατά το 14ο αιώνα, υπήρξε κέντρο μελέτης της αστρονομίας και των μαθηματικών με ονομαστούς δασκάλους τον Γρηγόριο Χιονιάδη, τον Κωνσταντίνο Λουκύτη και τον κληρικό Μανουήλ. Από όλα τα μέρη του κόσμου πήγαιναν εκεί για να σπουδάσουν. Στη Σχολή της Τραπεζούντας δίδαξε επίσης ο βυζαντινός ποιητής Θεόδωρος Πρόδρομος, ο γνωστός στη νεοελληνική λογοτεχνία Φτωχοπρόδρομος, ενώ πολλοί ιστορικοί από την Τραπεζούντα, όπως ο Θεωνάς, ο Μιχαήλ Πανάρετος, ο Ανδρέας Λιβαδινός, ο μητροπολίτης Ιωσήφ Λαζαρόπουλος, έγραψαν αξιόλογες ιστορικές, φιλολογικές, εθνολογικές και γεωγραφικές πραγματείες. Αργότερα, μετά την Άλωση της Τραπεζούντας από τους Οθωμανούς, το 1461, πολλοί λόγιοι εγκατέλειψαν την πόλη τους και κατέφυγαν στην Ευρώπη, όπου μεταλαμπάδευσαν την ελληνική παιδεία και τις αξίες του αρχαίου ελληνικού πολιτισμού. Ανάμεσα τους ξεχωρίζουν ο Βησσαρίων, που αργότερα έγινε Καρδινάλιος, και ο Γεώργιος ο Τραπεζούντιος που αναδείχθηκαν ως κορυφαίες πνευματικές φυσιογνωμίες και πρόδρομοι του ευρωπαϊκού Ανθρωπισμού.

Ο Αλέξιος Γ Κομνηνός 1349-1390 με τη σύζυγο του Θεοδώρα

Η Τραπεζούντα, ως πρωτεύουσα του παρευξείνιου ελληνισμού, εκτός από πνευματικό κέντρο υπήρξε και κόμβος εμπορικών ανταλλαγών ανάμεσα στις χώρες της Ανατολής και της Δύσης, με αποτέλεσμα στην αγορά της να συναντώνται λαοί από την Ασία και την Ευρώπη, οι οποίοι μετέφεραν μια πολυχρωμία από γλώσσες, ενδυμασίες και θρησκείες.

Οι Μεγαλοκομνηνοί, οι οποίοι έφεραν τον τίτλο «Βασιλείς και Αυτοκράτορες πάσης Ανατολής, Ιβήρων και Πειρατείας», παρά το γεγονός ότι η πολιτική τους δεν ήταν άμοιρη λαθών, συνέβαλαν γενικά στην προστασία και την επιβίωση του ποντιακού ελληνισμού στο διάστημα των 257 χρόνων της εξουσίας τους¹⁶. Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι σε όλη αυτή την περίοδο η πολιτεία, η θρησκεία και η επιστημονική γνώση συνεργάστηκαν στον Πόντο αρμονικά, σε αντίθεση με τις θρησκευτικές και άλλες συγκρούσεις οι οποίες ταλαιπώρησαν κατά το ίδιο διάστημα τους ευρωπαϊκούς λαούς.