Σε όλη τη διάρκεια του 19ου αιώνα, απελευθερωτικά κινήματα ξέσπασαν στην τουρκοκρατούμενη ηπειρωτική Ελλάδα και την Κρήτη, με υποκίνηση ή ανοχή του ελληνικού κράτους. Στα αλυτρωτικά κινήματα έδωσαν το παρόν ένοπλοι Μακεδόνες, Ηπειρώτες και Κρήτες πρόσφυγες που είχαν εγκατασταθεί από τον καιρό της Επανάστασης στην ελεύθερη Ελλάδα. Οι αναστατώσεις αυτές προκάλεσαν νέα προσφυγικά ρεύματα, με μεγαλύτερο αυτό της Κρητικής επανάστασης του 1866-69. Αυτά είχαν τη δική τους συμβολή στη σταθερή αύξηση του πληθυσμού της χώρας (διπλασιάστηκε από το 1840 ως το 1880). Σε αρκετές περιπτώσεις, πάντως, οι πρόσφυγες που προέρχονταν από περιοχές οι οποίες βρίσκονταν σε εμπόλεμη κατάσταση, επέστρεφαν μετά από σύντομο διάστημα στις ιδιαίτερες πατρίδες τους, όταν ηρεμούσαν τα πράγματα.

Το 1854 ο Κριμαϊκός πόλεμος γέννησε ελπίδες στους Έλληνες ότι έφθανε η ώρα της απελευθέρωσης της Ηπείρου, της Θεσσαλίας και της Μακεδονίας. Επαναστατικά σώματα από την Ελλάδα διείσδυσαν στις επαρχίες αυτές και κάλεσαν τους κατοίκους να ξεσηκωθούν. Τα κινήματα όμως απέτυχαν. Τους αντάρτες που επέστρεψαν στην Ελλάδα ακολούθησαν και άμαχοι. Όταν ηρέμησε η κατάσταση, οι πρόσφυγες επέστρεψαν στις εστίες τους.

Ο Κριμαϊκός πόλεμος όμως έπληξε τους πρόσφυγες και μέσα στην Αθήνα. Η επιδημία χολέρας, που έφεραν τα γαλλικά στρατεύματα κατοχής, διαδόθηκε γρήγορα στην πρωτεύουσα. Η επιδημία έπληξε ιδιαίτερα το νότιο τμήμα της πόλης, όπου κατοικούσαν σε άθλιες συνθήκες πρόσφυγες από τα τουρκοκρατούμενα ελληνικά μέρη, οι οποίοι είχαν φτάσει στην Αθήνα μετά τη διακοπή των ελληνοτουρκικών σχέσεων (Μάρτιος 1854). Για την αποκατάσταση όλων των προσφύγων του 1854, ιδρύθηκε προσφυγικός συνοικισμός στο χωριό Ανίβιτσα της Φθιώτιδας.

Ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος (1877-1878) αναθέρμανε το όνειρο της ανάκτησης της Ηπείρου, της Θεσσαλίας και της Μακεδονίας. Η Ελλάδα επιχείρησε να ενισχύσει την υπεράσπιση των ελληνικών δικαίων με την υπόθαλψη επαναστατικών κινημάτων στις επαρχίες αυτές. Τον Ιανουάριο του 1878 ιδρύθηκε στην Αθήνα η Μακεδόνικη Επιτροπή, με σκοπό την οργάνωση επανάστασης στη Μακεδονία. Πάλι οι Μακεδόνες πρόσφυγες της Νέας Πέλλας, και άλλοι της Εύβοιας, ανταποκρίθηκαν στις προσπάθειες της Επιτροπής να συγκεντρώσει στρατιωτική δύναμη. Η επανάσταση ξέσπασε στον Όλυμπο, στα Πιέρια και στη Χαλκιδική και έληξε με ανακωχή μεταξύ των Ελλήνων επαναστατών και των Τούρκων. Πολλοί επαναστάτες πέρασαν για ασφάλεια στην ελεύθερη Ελλάδα. Λίγο αργότερα, μερικοί απ' αυτούς επέστρεψαν στις περιοχές τους.

Το τελευταίο ρεύμα (εσωτερικών) προσφύγων δημιούργησε ο ελληνοτουρκικός πόλεμος του 1897. Την υποχώρηση του ελληνικού στρατού, μετά την κατάληψη της Λάρισας, ακολούθησε και γενική έξοδος του άμαχου πληθυσμού, που έφευγε πανικόβλητος. Η συνθήκη ειρήνης της Κωνσταντινούπολης προέβλεπε ρυθμίσεις στη θεσσαλική συνοριακή γραμμή με μικρές βελτιώσεις υπέρ των Τούρκων. Στα εδάφη αυτά δεν βρίσκονταν κατοικημένες περιοχές, εκτός από ένα χωριό, την Κουτσούφλιανη, το οποίο οι κάτοικοι του εγκατέλειψαν και εγκαταστάθηκαν νοτιότερα σε ελληνικό έδαφος.

Μικρός αριθμός Κρητών είχε καταφύγει στην ελεύθερη Ελλάδα το 1841, μετά την αποτυχία κινήματος στην Κρήτη. Η Κρητική επανάσταση όμως του 1866-1869 ήταν αυτή που προκάλεσε το μεγαλύτερο προσφυγικό κύμα στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα. Οι πρώτες κρητικές οικογένειες έφθασαν τον Ιούλιο του 1866 στον Πειραιά και τη Σύρο μέσω Κυθήρων. Την ίδια εποχή συστάθηκε στην Αθήνα η Κεντρική Επιτροπή υπέρ των Κρητών, που μαζί με την αντίστοιχη της Σύρου ανέλαβαν την ενίσχυση του κρητικού αγώνα. Για τον ίδιο σκοπό, και ιδιαίτερα για την περίθαλψη των αμάχων προσφύγων, ιδρύθηκαν στο εξωτερικό διάφορες επιτροπές, όπως αυτή του Λονδίνου, η οποία, σε συνεργασία με την «Αγγλοελληνική Επιτροπή» στην Αθήνα, ανέλαβε την περίθαλψη 4.500 προσφύγων.

Ως τα μέσα του 1867, μικρός σχετικά αριθμός αμάχων κατόρθωσε να φύγει από την Κρήτη, όπου τα προβλήματα διαβίωσης ήταν μεγάλα. Μερικά ξένα πλοία που τους μετέφεραν διέκοψαν στη συνέχεια για μήνες τη μεταφορά γυναικόπαιδων, μετά από διαμαρτυρίες της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Το μεγάλο προσφυγικό κύμα ξέσπασε τον επόμενο χρόνο. Το Φεβρουάριο του 1868 είχαν φτάσει περίπου 10.000 πρόσφυγες στην Αθήνα. Μέσα στον ίδιο χρόνο πρόσφυγες κατέπλεαν καθημερινά σε μεγάλες ομάδες, κυρίως άμαχος πληθυσμός, σε κακή κατάσταση. Το κράτος, όπως βρέθηκε σε αδυναμία να στηρίξει σταθερά την Κρητική επανάσταση, έτσι απέτυχε και να αντιμετωπίσει το οξύ προσφυγικό πρόβλημα.

Στις επόμενες δεκαετίες η προσφυγική κίνηση που συνδεόταν με τις κρίσεις του Κρητικού ζητήματος ήταν πολύ μικρότερης κλίμακας και είχε προσωρινό χαρακτήρα. To 1895 ανακινήθηκε πάλι το Κρητικό. Τα γεγονότα όμως αυτής της περιόδου (1895-1898), που ήταν καθοριστικά για την τύχη του νησιού, δεν προκάλεσαν κύμα μεγάλης φυγής.