Το έργο της εκτίμησης των περιουσιών προχωρούσε αργά και η δυσφορία του προσφυγικού κόσμου, που βρισκόταν σε απόγνωση, μεγάλωνε. Έτσι, υιοθετήθηκε η λύση να δοθεί μια προκαταβολή μέχρι την τελική αποπληρωμή της αξίας της περιουσίας πού εγκαταλείφθηκε στην Τουρκία, αφού πρώτα το ελληνικό Δημόσιο προέβαινε σε προσωρινή εκτίμησή της. Η Εθνική Τράπεζα ανέλαβε να πληρώσει στους ανταλλάξιμους την προκαταβολή αυτή.

Η προσωρινή εκτίμηση των περιουσιών έγινε με βάση τις δηλώσεις που υποβλήθηκαν στα κατά τόπους Γραφεία Ανταλλαγής. Οι αιτήσεις των δικαιούχων θα εξετάζονταν από ειδικές επιτροπές προσφύγων, συμπατριωτών των ενδιαφερομένων. Εάν θεωρούνταν ανακριβείς, προβλεπόταν αναθεώρησή τους από ένα Ανώτατο Συμβούλιο. Καθορίστηκαν επίσης τα περιουσιακά στοιχεία για τα οποία καταβαλλόταν αποζημίωση. Η προκαταβολή θα δινόταν σ' εκείνους που δεν είχαν μέχρι τότε αποκατασταθεί.

Για την οριστική εκτίμηση των περιουσιών που εγκαταλείφθηκαν στην Τουρκία συστάθηκαν Πρωτοβάθμιες Επιτροπές Εκτίμησης και Δευτεροβάθμιες Επιτροπές, για προβλήματα που ενδεχομένως θα ανέκυπταν. Με την πάροδο του χρόνου η ολοκλήρωση του έργου της εκτίμησης των περιουσιών φαινόταν όλο και πιο μακρινή. Το έργο ήταν τεράστιο και επιπλέον η όλη διαδικασία υπονομευόταν από την τουρκική πλευρά.

Μετά την υπογραφή της Σύμβασης ανταλλαγής πληθυσμών και της Συνθήκης ειρήνης της Λοζάνης, οι σχέσεις της Ελλάδας με την Τουρκία δοκιμάζονταν κατά διαστήματα από εντάσεις. Ύστερα από διαπραγματεύσεις, τον Ιούνιο του 1925 υπογράφηκε η Σύμβαση της Άγκυρας και το Δεκέμβριο του 1926 η Συμφωνία των Αθηνών. Αυτές ρύθμιζαν τα επίμαχα θέματα, όμως δεν εφαρμόστηκαν ποτέ. Τον Αύγουστο του 1928 το κόμμα των Φιλελευθέρων κέρδισε τις εκλογές και σχεδόν αμέσως η νέα κυβέρνηση ξεκίνησε διαπραγματεύσεις που κράτησαν δύο χρόνια. Ο Ελ. Βενιζέλος επιθυμούσε τη διευθέτηση των οικονομικών διαφορών και την αναγνώριση του εδαφικού καθεστώτος μεταξύ των δύο χωρών. Όμως, σε κάθε προσπάθεια προσέγγισης με την Τουρκία, εμπόδιο στεκόταν η έντονα αρνητική στάση των προσφύγων.

Στις 10 Ιουνίου 1930 υπογράφηκε η Συμφωνία της Άγκυρας που αποτελούσε το οικονομικό σύμφωνο μεταξύ των δύο χωρών. Τα κυριότερα σημεία του ήταν:

• Ρύθμισε το ζήτημα των Ελλήνων ορθοδόξων της Κωνσταντινούπολης και των μουσουλμάνων της Θράκης, καθώς και των «φυγάδων».
• Όριζε ότι οι ανταλλάξιμες μουσουλμανικές περιουσίες στην Ελλάδα και οι ελληνικές στην Τουρκία περιέρχονταν στην κυριότητα του Ελληνικού και Τουρκικού Δημοσίου, αντίστοιχα.
• Προέβλεπε αμοιβαία απόσβεση των οικονομικών υποχρεώσεων μεταξύ των δύο χωρών.

Η συμφωνία ολοκληρώθηκε στις 30 Οκτωβρίου του ίδιου έτους με το Σύμφωνο φιλίας, ουδετερότητας και διαιτησίας, το Πρωτόκολλο για τον περιορισμό των ναυτικών εξοπλισμών και τη Σύμβαση εμπορίου, εγκατάστασης και ναυτιλίας. Με την τελευταία αυτή σύμβαση δόθηκε η δυνατότητα στους υπηκόους του καθενός από τα δύο κράτη να ταξιδεύουν ή να εγκαθίστανται (με κάποιους περιορισμούς) στο έδαφος του άλλου κράτους.

Οι μεταγενέστερες εξελίξεις έδειξαν ότι οι προσδοκίες από τη λύση που δόθηκε σε κάποια ζητήματα με τις ελληνοτουρκικές συμφωνίες του 1930 διαψεύστηκαν. Βέβαια, για ένα μεγάλο διάστημα δεν σημειώθηκαν τριβές μεταξύ των δύο κρατών και δεν αμφισβητήθηκαν τα μεταξύ τους σύνορα. Αυτό ήταν και η βασική επιδίωξη του Έλληνα πρωθυπουργού. Ο συμψηφισμός όμως των ανταλλάξιμων, ελληνικών και μουσουλμανικών περιουσιών, προκάλεσε θύελλα αντιδράσεων ανάμεσα στους πρόσφυγες. Με τη συμφωνία αυτή η κατά πολύ μεγαλύτερη περιουσία των ανταλλάξιμων Ελλήνων ορθοδόξων της Τουρκίας εξισώθηκε με την αντίστοιχη περιουσία των μουσουλμάνων της Ελλάδας. Το γεγονός αυτό, σε συνδυασμό με την παρακράτηση του 25% της προκαταβολής της αποζημίωσης από την Εθνική Τράπεζα και της άρνησης διακανονισμού των προσφυγικών χρεών, απομάκρυνε τμήμα του προσφυγικού κόσμου από την εκλογική βάση του κόμματος των Φιλελευθέρων και συνέβαλε στην ήττα του στις εκλογές του 1932 και του 1933.