Ο ι Γερμανοί, αφού κατέλαβαν την Ελλάδα, κράτησαν την Αθήνα, την Κεντρική Μακεδονία, την Κρήτη και το σιδηροδρομικό δίκτυο, παραχώρησαν τμήματα της Μακεδονίας και της Θράκης στους συμμάχους τους Βουλγάρους και την υπόλοιπη χώρα στους Ιταλούς.

Η περίοδος της τριπλής Κατοχής ήταν η αφετηρία μεγάλης δοκιμασίας για τον ελληνικό λαό. Ιδιαίτερα τον πρώτο χειμώνα του 1941-1942 η πείνα μάστιζε τους κατοίκους στις μεγάλες πόλεις. Τα θύματα υπήρξαν χιλιάδες, ιδιαίτερα μάλιστα υπέφεραν τα μικρά παιδιά.

Ταυτόχρονα με την Κατοχή ξεκίνησε και η αντίσταση των κατακτημένων Ελλήνων. Στις 30 Μαίου του 1941 δύο φοιτητές, ο Μανώλης Γλέζος και ο Απόστολος Σάντας, κατέβασαν τη γερμανική σημαία από την Ακρόπολη, τραυματίζοντας με την πράξη τους αυτή το γόητρο των κατακτητών. Λίγους μήνες αργότερα, με την ηθική και υλική υποστήριξη της Βρετανίας, δημιουργήθηκαν τρεις αντιστασιακές οργανώσεις, το Ε.Α.Μ./Ε.Λ.Α.Σ. σε όλη σχεδόν τη χώρα, ο Ε.Δ.Ε.Σ. που έδρασε κυρίως στην Ήπειρο και η Ε.Κ.Κ.Α. Κορυφαίο κατόρθωμα της κοινής ελληνικής αντιστασιακής δράσης ήταν η ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοποτάμου (25 Νοεμβρίου 1942). Με την καταστροφή της καθυστέρησε ο ανεφοδιασμός των στρατευμάτων του Άξονα, που πολεμούσαν στην Αφρική.

Οι πράξεις αντίστασης προκάλεσαν όμως τα αντίποινα των κατακτητών. Η τρομοκρατία, το κάψιμο ολόκληρων χωριών όπως τα Καλάβρυτα, το Δίστομο, το Μεσόβουνο, οι Πύργοι και η Κάνδανος καθώς και οι μαζικές εκτελέσεις υπήρξαν το βαρύ τίμημα της ελευθερίας.

Στα τέλη του 1944 η τετραετής σχεδόν Κατοχή έφτασε στο τέλος της. Οι Γερμανοί και οι σύμμαχοι τους, νικημένοι στα πεδία των μαχών, αποσύρθηκαν από την Ελλάδα. Τον Οκτώβριο του 1944 η ελληνική Κυβέρνηση, που είχε καταφύγει στη Μέση Ανατολή, επέστρεψε στην Αθήνα. Ήταν η στιγμή της Απελευθέρωσης.

Ωστόσο, νέα δεινά περίμεναν τον ελληνικό λαό. Οι ελληνικές πολιτικές δυνάμεις παρέμεναν διχασμένες: από τη μια ο βασιλιάς και η αναγνωρισμένη από τους Συμμάχους ελληνική Κυβέρνηση και από την άλλη το Ε.Α.Μ., που από τον Μάρτιο του 1944 είχε σχηματίσει δική του κυβέρνηση στην ορεινή Ελλάδα. Λάθη και παραλείψεις των δύο πλευρών καθώς και παρεμβάσεις των ξένων Δυνάμεων οδήγησαν τελικά σε Εμφύλιο Πόλεμο. Ο Εμφύλιος ξέσπασε το 1946 και «μάτωσε» την Ελλάδα για τρία ολόκληρα χρόνια. Ο αδελφοκτόνος πόλεμος τερματίστηκε στα τέλη του καλοκαιριού του 1949, με την ήττα του Δημοκρατικού Στρατού, πολλές χιλιάδες θύματα και ανυπολόγιστες καταστροφές. Μπορεί οι ένοπλες συγκρούσεις να τελείωσαν, αλλά τα τραύματα στις ψυχές των Ελλήνων παρέμειναν ανοιχτά για πολλές ακόμη δεκαετίες.