Η αποτυχία των Ιταλών να κατακτήσουν την Ελλάδα τροποποίησε τα σχέδια των συμμάχων τους Γερμανών, οι οποίοι την άνοιξη του 1940 είχαν ήδη κυριεύσει τη Γαλλία και σχεδίαζαν να επιτεθούν στη Σοβιετική Ένωση. Ωστόσο, η ανάγκη να προστατευτούν οι γερμανικές στρατιωτικές μονάδες από βομβαρδισμούς της βρετανικής κυρίως αεροπορίας, που στάθμευε στα Βαλκάνια, επέβαλε τη στροφή του ενδιαφέροντος τους προς τα εκεί.

Στις αρχές Μαρτίου του 1941 η Βουλγαρία συμμάχησε με τη Γερμανία και γερμανικές φάλαγγες διάβηκαν ελεύθερα το έδαφος της. Έγινε πια φανερό ότι στόχος του γερμανικού στρατού ήταν η Ελλάδα. Μπροστά σ' αυτό το ενδεχόμενο η ελληνική Κυβέρνηση, εγκαταλείποντας οριστικά την ουδετερότητά της, επέτρεψε να αποβιβαστούν στη χώρα στρατιώτες των συμμαχικών δυνάμεων.

Στις 6 Απριλίου του 1941 εκατοντάδες γερμανικά αεροπλάνα άρχισαν βομβαρδισμούς, καθώς Γερμανοί στρατιώτες έκαναν επίθεση σε ελληνικά οχυρά. Ταυτόχρονα, γερμανικά άρματα μάχης προχώρησαν με κατεύθυνση την Κοζάνη και τα Γρεβενά, για να απειλήσουν τα νώτα του ελληνικού στρατού στην Αλβανία.

Ο ελληνικός στρατός, που υπερασπιζόταν το Ρούπελ και άλλα οχυρά στα σύνορα με τη Βουλγαρία, αντιστάθηκε αλλά δεν μπόρεσε να αντιμετωπίσει την ταυτόχρονη εισβολή από δυο διαφορετικές περιοχές. Στις 9 Απριλίου 1941 γερμανικές δυνάμεις κατέλαβαν τη Θεσσαλονίκη και κατευθύνθηκαν προς τη Νότια Ελλάδα. Η ελληνική Κυβέρνηση αποσύρθηκε στην Κρήτη και οι στρατηγοί του αλβανικού μετώπου υποχρεώθηκαν να συνθηκολογήσουν. Στις 27 Απριλίου του 1941 και η Αθήνα έπεσε στα χέρια των κατακτητών. Ως το τέλος Απριλίου ολόκληρη η ηπειρωτική χώρα είχε καταληφθεί.

Τον επόμενο μήνα Γερμανοί αλεξιπτωτιστές έπεσαν στο τελευταίο ελληνικό οχυρό, την Κρήτη, που την υπεράσπιζαν συμμαχικά και ελληνικά στρατεύματα καθώς και ένοπλοι πολίτες. Έπειτα από σκληρές συγκρούσεις, που κράτησαν δέκα ημέρες, οι Γερμανοί επικράτησαν αλλά με βαρύτατες απώλειες. Έτσι, οι δυνάμεις του Άξονα κυρίευσαν το ελληνικό κράτος και άρχισε η περίοδος της Κατοχής που κράτησε μέχρι το 1944.

Ο Β' Παγκόσμιος Πόλεμος τερματίστηκε το 1945, με νίκη των συμμαχικών δυνάμεων. Οι καταστροφές ήταν για όλους ανυπολόγιστες. Προκλήθηκαν μεγάλες υλικές ζημιές ενώ εκατομμύρια άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους. Από τις τραγικότερες στιγμές του πολέμου, το Ολοκαύτωμα των Εβραίων στα ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης και η ρίψη ατομικής βόμβας στις ιαπωνικές πόλεις Ναγκασάκι και Χιροσίμα από τους Αμερικάνους για να εξαναγκάσουν την Ιαπωνία να παραδοθεί, προκάλεσαν φρίκη και συγκλόνισαν την ανθρωπότητα.