Η ταπεινωτική ήττα στον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897 σκόρπισε απογοήτευση και προβληματισμό στο ελληνικό βασίλειο και ιδιαίτερα στους κόλπους του στρατεύματος. Μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα όμως το ελληνικό κράτος άρχισε να αναδιοργανώνεται. Μετέβαλε επίσης τη στάση του απέναντι στα εθνικά ζητήματα της Κρήτης και της Μακεδονίας, αναλαμβάνοντας πιο ενεργή δράση.

Τον Μάρτιο του 1905 ξέσπασε στο χωριό Θέρισο της Κρήτης ένοπλη εξέγερση, με επικεφαλής τον Ελευθέριο Βενιζέλο και κύριο αίτημα την ένωση του νησιού με την Ελλάδα. Τελικά η ένωση της Κρήτης με το ελληνικό κράτος δεν πραγματοποιήθηκε, καθώς η εξέγερση τερματίστηκε μετά από διαπραγματεύσεις.

Τρία χρόνια αργότερα η Κρήτη, εκμεταλλευόμενη την αναστάτωση που επικρατούσε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, επαναστάτησε και πάλι κηρύσσοντας την ένωση με την Ελλάδα. Η ελληνική Κυβέρνηση, από φόβο μήπως επαναληφθούν τα γεγονότα του 1897, δεν αναγνώρισε επίσημα την ένωση, προκαλώντας τη λαϊκή δυσαρέσκεια.

Στη Μακεδονία η κατάσταση ήταν πιο δύσκολη. Η αναμέτρηση μεταξύ Ελλήνων και Βουλγάρων, που διεκδικούσαν την περιοχή, είχε ενταθεί μετά το Συνέδριο του Βερολίνου το 1878, που διατήρησε τη Μακεδονία υπό τουρκική κυριαρχία. Γύρω κυρίως από τα σχολεία και τις εκκλησίες των μακεδονικών χωριών δόθηκε ένας σκληρός αγώνας ανάμεσα στις δυο χώρες για επικράτηση. Οι Βούλγαροι άρχισαν να στέλνουν αντάρτες (κομιτατζήδες), που πίεζαν τους κατοίκους να δηλώσουν ότι ανήκαν στην ανεξάρτητη βουλγαρική εκκλησία (Εξαρχία).

Η βουλγαρική δραστηριότητα οδήγησε την Ελλάδα σε ενεργητικότερη ανάμιξη στις μακεδονικές υποθέσεις. Αξιωματικοί του ελληνικού στρατού, όπως ο Παύλος Μελάς, ο Κωνσταντίνος Μαζαράκης και ο Τέλλος Αγαπηνός (Άγρας) καθώς και οπλαρχηγοί από πολλές άλλες περιοχές, όπως ο Γεώργιος Τσόντος από την Κρήτη, ο Παναγιώτης Παπατζανετέας από τη Μάνη και άλλοι έφτασαν στη μακεδονική γη και από κοινού με ντόπιους Έλληνες, σχημάτισαν ανταρτικές ομάδες.

Τη δράση των ανταρτικών αυτών ομάδων συντόνιζαν Έλληνες διπλωμάτες που υπηρετούσαν στη Μακεδονία, όπως ο Πρόξενος στη Θεσσαλονίκη Λάμπρος Κορομηλάς και ο υποπρόξενος στο Μοναστήρι Των Δραγούμης αλλά και δυναμικοί ιεράρχες, σαν τον Μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανό Καραβαγγέλη.

Ο θάνατος του νεαρού αξιωματικού Παύλου Μελά σε σύγκρουση με τον τουρκικό στρατό στο χωριό Στάτιστα (σημερινό Μελάς) της Καστοριάς, στις 13 Οκτωβρίου 1904, κινητοποίησε τους Έλληνες και έκανε την ελληνική Κυβέρνηση να διεκδικήσει δυναμικότερα τη Μακεδονία, εγκαταλείποντας τους δισταγμούς της.

Για τα επόμενα τέσσερα χρόνια η ελληνική αντεπίθεση στη Μακεδονία ανέκοψε τη βουλγαρική διείσδυση. Η ένοπλη φάση του Μακεδονικού Αγώνα διακόπηκε το 1908. Τη χρονιά αυτή πολλοί φιλελεύθεροι Τούρκοι, που ονομάστηκαν Νεότουρκοι, επαναστάτησαν αντιδρώντας στην απολυταρχική διοίκηση του Σουλτάνου και στις συνεχείς επεμβάσεις των Μεγάλων Δυνάμεων στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Πεπεισμένοι από τις διακηρύξεις των Νεοτούρκων για παραχώρηση δικαιωμάτων, Έλληνες και Βούλγαροι αντάρτες κατέθεσαν τα όπλα. Ο αγώνας για τη διεκδίκηση της Μακεδονίας θα συνεχιζόταν κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους.