Μ ετά την τουρκική κατάκτηση, οι περισσότερες από τις επιφανείς Βυζαντινές οικογένειες που επέζησαν, μετανάστευσαν κυρίως σε λατινοκρατούμενες περιοχές ή στη Δυτική Ευρώπη. Όσες από αυτές παρέμειναν στην Κωνσταντινούπολη, συγχωνεύθηκαν με Έλληνες που ήρθαν στην Πόλη από την Καραμανία, τον Πόντο ή τα νησιά του Αιγαίου και πλούτισαν ως Βιοτέχνες ή έμποροι. Σχηματίστηκε, έτσι, γύρω από το Πατριαρχείο μια νέα άρχουσα τάξη, οι Φαναριώτες, που από τον 17^ο αιώνα ανέπτυξε σημαντικό εθνικό ρόλο σε τομείς όπως η εκπαίδευση.

Αν και θεωρητικά οι Οθωμανοί Σουλτάνοι παραχωρούσαν κάποιες ελευθερίες στους «απίστους» υπηκόους τους, στην καθημερινή ζωή οι περιορισμοί ήταν πολλοί, ιδιαίτερα τους πρώτους αιώνες της Τουρκοκρατίας. Οι Χριστιανοί υποχρεώνονταν να κατοικούν σε φτωχικές συνοικίες των πόλεων και υπηρετούσαν στο στρατό μόνο σε Βοηθητικές υπηρεσίες είτε ως ναύτες και οδηγοί. Απαγορεύονταν επίσης οι λιτανείες. Αλλά και οι σοβαρές δικαστικές υποθέσεις που αφορούσαν Χριστιανούς, εξετάζονταν στα μουσουλμανικά ιεροδίκεια και όχι στα εκκλησιαστικά δικαστήρια.

Οι σημαντικότερες διακρίσεις όμως αφορούσαν την κατανομή των φόρων. Η Οθωμανική Αυτοκρατορία ενδιαφερόταν εξαιρετικά για την είσπραξη τους, καθώς στα έσοδα από τη φορολογία στήριζε κατά μεγάλο μέρος τη συντήρηση της. Οι Χριστιανοί επιβαρύνονταν οικονομικά πολύ περισσότερο από τους Μουσουλμάνους, πληρώνοντας πολλούς τακτικούς φόρους, όπως τον κεφαλικό φόρο, τον φόρο εστίας για τις κατοικίες τους, φόρο για τη χρήση της γης (έγγειος) αλλά και για την αγροτική παραγωγή (δεκάτη). Εκτός από τους τακτικούς, υπήρχαν και έκτακτοι φόροι, καθώς και αγγαρείες. Οι διακρίσεις σε βάρος των Χριστιανών ήταν πιο έντονες σε απομακρυσμένες περιοχές. Οι τοπικοί διοικητές, εκμεταλλευόμενοι το γεγονός ότι η κεντρική εξουσία δεν μπορούσε εύκολα να τους ελέγξει, δεν δίσταζαν να τους κακομεταχειρίζονται, ιδίως σε περιόδους ταραχών αλλά και για την ενίσχυση του προσωπικού τους ταμείου.

Τα πιο σκληρά όμως μέτρα που αντιμετώπισαν οι Χριστιανοί, ιδιαίτερα τους πρώτους αιώνες της κατάκτησης, ήταν οι σφαγές και οι αιχμαλωσίες, οι εξισλαμισμοί, το παιδομάζωμα καθώς και η εγκατάσταση τουρκικών και άλλων φύλων σε εύφορα εδάφη, με συνέπεια την αναγκαστική μετακίνηση ελληνικών πληθυσμών στο εξωτερικό ή σε απομονωμένα και ορεινά μέρη στο εσωτερικό.

Οι περισσότεροι υπόδουλοι κατείχαν εκτάσεις γης κυρίως σε άγονες περιοχές ή σε νησιά. Αντίθετα, τα πιο εύφορα κτήματα ανήκαν στο Σουλτάνο και τους Οθωμανούς.